CUT&Tag（DNA-蛋白互作研究）

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是研究DNA與蛋白互作的新技術(shù)。與ChIP-Seq相比，CUT&Tag不需要甲醛交聯(lián)和免疫共沉淀的過程，而是通過靶蛋白的抗體和Protein A的介導(dǎo)，使Protein A融合的Tn5轉(zhuǎn)座酶靶向并切割DNA，同時(shí)在序列兩端加上測序接頭，經(jīng)PCR擴(kuò)增后形成高通量測序文庫。

技術(shù)流程

細(xì)胞與ConA beads結(jié)合——細(xì)胞滲透性處理——一抗與目的蛋白特異性結(jié)合——二抗結(jié)合一抗放大信號——加入pA-Tn5與抗體結(jié)合——通過Mg2+激活轉(zhuǎn)座體，片段化目的蛋白結(jié)合的DNA，并加上接頭序列——DNA提取與擴(kuò)增-高通量測序

使用CUT&Tag，鑒定H3K27me3在染色質(zhì)水平上的peaks。與ChIP-seq相比，在相同Reads條件下，兩者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。

參考文獻(xiàn)

Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.

技術(shù)對比

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更多技術(shù)服務(wù)：

DNA親和純化測序（DAP-seq）

在全基因組水平上鑒定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，預(yù)測轉(zhuǎn)錄因子潛在的靶基因。

DAP-seq 技術(shù)的出現(xiàn)，使轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的研究不再局限于生物物種，不再受抗體質(zhì)量的限制，進(jìn)一步拓展并加深了生命科學(xué)領(lǐng)域研究的廣度和深度。

DAP-seq與RNA-seq聯(lián)合分析

分析轉(zhuǎn)錄因子的靶基因在RNA-seq數(shù)據(jù)中的表達(dá)變化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq測序數(shù)據(jù)，增加轉(zhuǎn)錄組測序的分析深度。

酵母單雜交技術(shù) (Yeast One-Hybrid)

確定已知 DNA 和蛋白質(zhì)之間是否存在相互作用。

篩選結(jié)合于目標(biāo)順式作用元件或其他短 DNA 序列的新蛋白。

鑒定蛋白結(jié)合 DNA 的結(jié)構(gòu)域，精準(zhǔn)定位與DNA 結(jié)合的蛋白序列。

Halo pull down

檢測已知蛋白質(zhì)之間的相互作用，鑒定與已知蛋白相互作用的未知蛋白。

重組蛋白表達(dá)

有大腸桿菌、酵母、昆蟲細(xì)胞、哺乳動物細(xì)胞4種蛋白表達(dá)系統(tǒng)可供選擇。