擴增子測序主要是針對有一定物種區(qū)分度的基因片段的PCR產(chǎn)物進行測序分析。針對不同的研究目的和需求,易基因提供三種擴增子測序產(chǎn)品:16S rDNA測序、18S rDNA測序、ITS測序。

16S rDNA測序:16S rDNA為原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA編碼序列,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定,具有9個高可變區(qū)(右圖，vl-v9)和10個保守區(qū)。高可變區(qū)具有良好的物種特異性,對若干高可變區(qū)進行測序可以在一定分類水平上解析細菌或者古菌的群落結(jié)構(gòu)多樣性。

18S rDNA測序:18S rDNA為真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA編碼序列,同樣也具備高可變區(qū)(右圖,v1-v9,缺少v6區(qū))與保守區(qū),對18S rDNA的高可變區(qū)進行測序,可研究樣本中真核微生物的群落結(jié)構(gòu)多樣性。

ITS測序: ITS序列主要用于研究真菌群落多樣性,檢測區(qū)域分為位干真核生物rDNA18S和5.8S之間的ITS1席列以及位干真核生物rDNA5.8S和28S之間的ITS2序列。

技術(shù)優(yōu)勢：

?  應用范圍廣：適用于宿主微生態(tài)系統(tǒng)及自然環(huán)境微生態(tài)系統(tǒng)研究；

?  分析周期短：擴增子測序數(shù)據(jù)量較少,分析周期較短；

?  低起始量：由于存在目標區(qū)域的PCR擴增過程,因此對樣本DNA總量需求較少；

?  低成本功能預測：針對宿主微生態(tài)系統(tǒng)及自然環(huán)境微生態(tài)系統(tǒng)采用不同的功能預測軟件進行群落功能預測分析。

實驗策略：

樣本準備→DNA提取及質(zhì)檢→目標區(qū)域PCR擴增→PCR產(chǎn)物純化→文庫制備及質(zhì)檢→上機測序

分析內(nèi)容：

注：個性化分析、多組學關(guān)聯(lián)分析請聯(lián)系對接銷售或技術(shù)支持

送樣要求：

經(jīng)典案例

坦桑尼亞哈扎人采集者腸道微生物的季節(jié)變化

Smits S A, Leach y, Sonnenburg E D, et al. Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers ofTanzania.yl.Science,2017,357(6353):802-806

1、背景

坦桑尼亞的哈扎人是世界上僅存的部落,以采集方式生存繁衍。哈扎人的飲食結(jié)構(gòu)比較單一,未受到現(xiàn)代工業(yè)文明的影響他們的飲食結(jié)構(gòu)在旱季主要以植物塊莖為食,在雨季會更多的食用蜂蜜和漿果,季節(jié)性特征相當顯著。這種飲食結(jié)構(gòu)導致他們的腸道微生物菌群易于對食物中的粗纖維進行消化。之前的研究也表明,哈扎人男性與女性由于分工不同,體內(nèi)的腸道微生物菌群也有很大不同。腸道菌群幫助人類在數(shù)百萬年的進化過程中適應對不同種類食物的消化。本研究以哈扎人采集者腸道菌群為研究對象,其中一部分工作是利用16S rDNA測序進行菌群結(jié)構(gòu)季節(jié)性周期變化規(guī)律的分析。

2、方法

該研究在不同季節(jié)收集了來自188個哈扎人的350個糞便樣本及飲食數(shù)據(jù)利用16SrDNA測序技術(shù)進行菌群分析。

3、結(jié)論

作者對哈扎人腸道微生物菌群進行分析,發(fā)現(xiàn)哈扎人腸道微生物菌群具有周期性和季節(jié)不同性。其中,在旱季和雨季的間隙,哈扎人腸道中70%的擬桿菌會消失,但在這段時間之后,這些擬桿菌會重新出現(xiàn)。在哈扎人的腸道中,Prevotellaceae,Spirochaetes,Succinivibrionaceae,Lachnospiraceae四個科的細菌受季節(jié)改變顯著。同時,將哈扎人腸道微生物菌群與來自于16個國家18個人群的微生物菌群進行比較發(fā)現(xiàn)工業(yè)化地區(qū)擬桿菌在菌群中占比21%,顯著高于傳統(tǒng)食物地區(qū)擬桿菌在菌群中占比0.8%。

參考文獻：

①     DOI:10.1126/science.aan4834