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    FLAG標記物是惟一專為標記目的設(shè)計的多肽標記物（Hoppetal．1988），其特點是標記物的序列不是來自任何已知的蛋白。該標記物是由8個氨基酸殘基組成的多肽，具有親水性，可置于蛋白的氨基或羧基末端。有兩種商品化的抗體MI和M2，可識別FLAG標記物。Mi抗體的結(jié)合要求表位是氨基末端，因而僅適用于將標記物連接到蛋白的氨基末端。二價陽離子（為Ca²⁺）可增強MI抗體與FLAG標記物的結(jié)合，因此金屬螯合劑，如EDTA可引起其相互作用*或部分破壞，可在很溫和的條件下純化。

 

    M2抗體的存在使該系統(tǒng)顯示出更大的應(yīng)用價值，因為FLAG無論是處于蛋白分子中間或羧基末端，該抗體可識別相同的FLAG表位。M2對FLAG表位的識別不需要二價陽離子的存在，并且可以通過游離的多肽競爭性地將FLAG標記蛋白從M2分子中溫和洗脫下來。

 

    多種FLAG標記蛋白可保留全部的生化活性（如轉(zhuǎn)錄因子、生長因子和酶），這些標記物亦廣泛應(yīng)用于細胞染色、免疫印跡和免疫沉淀試驗中。由于已有各種載體和檢測試劑出售，包括抗體親和樹脂和直接標記抗體的商品，使其成為人們常選用的系統(tǒng)。

 

    由于對抗-FLAG抗體的特異性進行了更詳盡的研究，使得可以采用其他替代序列（Slootstraetal．1997）和更短部分（Knappik和Pluckthunl994）作為標記物。抗-FLAG抗體產(chǎn)生的本底一般非常低，但M2抗體至少可與一種細胞蛋白發(fā)生交叉反應(yīng)（Schafer和Braunl995）。