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基因表達分析新技術（二）
閱讀：731 發(fā)布時間：2011-11-12生物通報道：科學家們?yōu)榱四苌钊肓私馓禺愋曰虮磉_，發(fā)展了許多實驗技術，比如芯片技術，PCR，高通量測序等，但是要想得到的結果，仍然依賴于實驗操作人員對于技術掌握的熟練程度。而且隨著基因表達研究越來越多，為了確保公布的結果的性，對于相關分析也越來越嚴格。不過所幸目前也有了更多基因表達分析相關的產品，這些產品帶來的新技術也許能幫助我們解決難題。生物通 www.ebiotrade.com
接上文Science：基因表達分析新技術（一）
高通量芯片應用思路交流會，與專家面對面，不容錯過！生物通 www.ebiotrade.com
多重PCR需要多條引物，而要確認擴增的特異性，就得先保證引物的靶標特異性，在這方面，Beckman Coulte公司推出了一款引物設計軟件：eXpress Designer，這一軟件能配合Beckman本身的幾個PCR產品，完成，特異性強的設計。Beckman的產品Handy Yowanto還指出了引物設計的幾個小貼士——首先要確保引物是跨越內含子的片段（intron spanning），并盡量減少基因組其它DNA的干擾。同時也不要涉及到SNPs出現的位置，因為這也許會減少產量。除此之外，當然更多的操作能增加設計的熟練程度，隨著對于這項技術在不同實驗中的應用，設計引物也會變得越來越容易。
qPCR標準生物通 www.ebiotrade.com
要從PCR實驗中獲得的結果需要注意到大量的細節(jié)，早在1997年，倫敦大學瑪麗皇后學院的分子生物學教授Stephen Bustin就意識到了這個方面，他表示，而且研究人員在發(fā)表文章的時候也沒有提供詳細的有關如何操作定量PCR的詳細信息，有時信息還是錯誤的，這造成了不少問題。
2009年，Bustin教授與他的同事出版了定量實時PCR實驗的指導手冊：MIQE，這一免費手冊得到了Bio-Rad公司的支持（Bio-Rad公司贊助推出*個MIQE qPCR iPad app），其它一些大型的供應商，比如安捷倫，Life Technologies，Thermo Fisher也都提供了重要的信息，除此之外來自比利時Biogazelle公司還補充了qbasePLUS這一qPCR分析軟件——這是MIQE中*提及的分析軟件。生物通 www.ebiotrade.com
這一MIQE（Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments）為研究人員提供了必要的資源和核對表，提供了一套在上推出的指導方針，就評價QPCR實驗和發(fā)表文章時所必需的實驗信息提出了zui低限度的標準, 也提供了一個出版時所要附帶的checklist。目前MIQE可從蘋果的App Store商店免費獲得，MIQE qPCR app幫助研究人員實現了qPCR實驗的準確、透明和可靠。該應用中不同顏色的核對表區(qū)分了必要和可取的MIQE要求，并直觀地顯示了過程。用戶可直接鏈接到MIQE相關的文獻，或者通過電子郵件向專家詢問有關qPCR或MIQE的問題。應用中有著的qPCR資源、參考文獻和新聞。
單細胞表達分析生物通 www.ebiotrade.com
平均數據是個謊言，對于基因表達來說，平均數據并不能代表整個群體中任何一個細胞的特征，比如說，某種特異基因的表達柱形圖也許只代表了兩個不同細胞群中的兩個峰值。而且有時候真相只存在于單細胞，而不是群體水平細胞中，許多生物過程也許就只是單個細胞驅使，或者說調控的。
但是要分析單細胞并不容易，而且如果在分析單細胞的時候，只關注到一些基因，也許就會錯失表達模式機制，來自Fluidigm公司的BioMark HD高通量基因分析系統(tǒng)也許能幫助解決這個問題——這一系統(tǒng)配合其動態(tài)芯片，能同時追蹤96個細胞中的96個基因。生物通 www.ebiotrade.com
單細胞分析的另外一個問題就是分辨率，天然的單細胞十分小，這也就意味著實驗樣品的材料并不多，研究人員需要對這些寶貴的材料進行有效的分析，這需要高性能微流體來幫忙，BioMark HD的一大創(chuàng)新點就是集成流體通路（Integrated Fluidic Circuit，IFC）技術，這一技術利用集成電路制作工藝在硅片或石英玻璃上刻上許多微管和微腔體，通過不同的控制閥門控制溶液在其中的流動來實現生物樣品的分液、混合、PCR擴增。這一技術極大地簡化了生物樣品和試劑的分液操作，提高分析通量和靈敏度，其納升級的反應體系為高通量的基因分析應用節(jié)省大量成本（試劑用量更少，樣品量更少）。
除此之外，Fluidigm公司的Dynamic Array（48.48動態(tài)芯片和96.96動態(tài)芯片）和Digital Array（12.765數碼芯片和48.770數碼芯片）能應用于不同的基因分析，比如拷貝數變化分析、遺傳突變檢測、基因分型、基因定量、單細胞基因表達等，這有利于研究人員的進一步分析檢測。