離子交換層析根據(jù)化合物的凈電荷進(jìn)行分離。帶負(fù)電荷或正電荷的官能團(tuán)共價(jià)結(jié)合于固相載體基質(zhì)，分別成為陽離子交換劑和陰離子交換劑。當(dāng)一個(gè)帶電荷的分子加入到帶有相反電荷的交換劑時(shí)，它就會(huì)被吸附，同時(shí)，帶相同電荷的離子和中性分子則被洗脫到層析柱的外水體積里。帶電荷分子的結(jié)合是可逆的，通常可用鹽或PＨ梯度洗脫吸附的分子。

　離子交換層析可以有多種應(yīng)用，包括分離和純化生物分子，分離無機(jī)離子，試劑和水的去離子化，鹽轉(zhuǎn)換以及去除金屬離子、溴化乙錠和ＳＤＳ。

　兩性化合物的分離策略。如果分子在ＰＨ高于其等電點(diǎn)時(shí)穩(wěn)定，可使用陰離子交換樹脂。如果分子在ＰＨ低于其等電點(diǎn)時(shí)穩(wěn)定，則使用陽離子交換樹脂。

美國GE（原安瑪西亞）層析填料（常用型號）