PCR儀在生命科學(xué)及醫(yī)學(xué)研究實驗室中廣泛使用，熒光定量PCR實驗法的普遍應(yīng)用不僅僅表現(xiàn)在基因擴(kuò)增方面，在以下實驗中也發(fā)揮著重要作用。

一、分子生物學(xué)研究方面 
1、核酸定量分析 通過核酸的定量擴(kuò)增，從而達(dá)到病原微生物分析檢測的目的。比如通過咽拭子采集樣本，進(jìn)行樣本PCR擴(kuò)增的方式定向分析檢測流感病毒等。
2、基因表達(dá)差異化分析 通過 熒光定量PCR法來比較經(jīng)過不同樣本間的基因表達(dá)差異。為下游實驗提供充分的實驗數(shù)據(jù)。
3、SNP 檢測：熒光定量分析實驗中常用TaqMan探針法即針對DNA 貨RNA上不同SNP位點進(jìn)行獨立的PCR引物設(shè)計和TaqMan探針設(shè)計 ，再進(jìn)行熒光PCR擴(kuò)增、熒光PCR分析從而判別單核苷酸的多態(tài)型對特定藥物的反應(yīng) ，或單堿基多型等差異研究。
4、甲基化檢測 基因中的甲基化通常會抑制基因表達(dá)所以與生物體的生長發(fā)育調(diào)控有著密切的關(guān)系。比如受甲基化影響所造成的腫瘤類疾病。而在 DNA修飾中通過去甲基化，在不改變基因序列的前提下，重新活化及基因表達(dá)，減少腫瘤細(xì)胞形成概率。通過電泳檢測MSP擴(kuò)增產(chǎn)物，利用熒光應(yīng)定量PCR 分析法對甲基化DNA鏈的引物片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增可檢測到甲基化的存在位點。