以脫鹽為主要目的的膜系統(tǒng)工藝設計中，存在著典型與非典型兩類工藝設計問題。典型工藝設計針對較為普遍的設計依據參數及較為普遍的系統(tǒng)結構，系統(tǒng)設計內容主要包括:膜元件與膜容器的品種、規(guī)格、數量及排列方式的選擇，加壓泵的品種、規(guī)格及數量的選擇，以及系統(tǒng)回收率參數等典型問題。膜系統(tǒng)非典型設計針對較為特殊的設計依據及較為特殊的系統(tǒng)結構，系統(tǒng)設計內容主要包括:濃水回流、淡水背壓、段間加壓、品種配置、規(guī)格配置、分質供水、半級系統(tǒng)、無級間泵兩級系統(tǒng)等特殊工藝及其運行參數。膜系統(tǒng)不同工藝間既存在形式上的差異，也存在特定功能上的重疊，在系統(tǒng)工藝設計時存在工藝的取舍及功能的配合問題。
反滲透膜工藝也可以劃分為淡水與濃水兩大類工藝問題。淡水工藝問題主要涉及給水溫度、給水壓力、平均通量、滲透壓力、通量均衡、性能衰減等系統(tǒng)參數對產出淡水流量及系統(tǒng)脫鹽率的影響;濃水工藝問題主要涉及難溶鹽含量、給/濃水pH（PH儀表）值、濃差極化度等系統(tǒng)參數對系統(tǒng)回收率的影響。由于膜系統(tǒng)內部各工藝成并聯(lián)關系，各工藝參數間呈現出更為復雜的相互聯(lián)系。
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