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Developmental Cell:基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究取得進(jìn)展

閱讀:928        發(fā)布時(shí)間:2017/10/24
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近日,中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授單革實(shí)驗(yàn)室研究發(fā)現(xiàn),秀麗線(xiàn)蟲(chóng)中兩個(gè)高度保守的轉(zhuǎn)錄因子UNC-30和UNC-55,共調(diào)控包括cAMP通路、微小RNA(microRNA)和長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)等在內(nèi)的數(shù)以千計(jì)的靶基因的表達(dá),從而調(diào)控D型運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元的發(fā)育和可塑性。研究論文近日發(fā)表在《發(fā)育細(xì)胞》(Developmental Cell)上。

為了獲知這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄因子在D型運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元中的所有靶基因,該實(shí)驗(yàn)室首先利用CRISPR-Cas9技術(shù)將GFP分別插入到unc-30和unc-55基因的末端,得到表達(dá)UNC-30::GFP和UNC-55::GFP融合蛋白的秀麗線(xiàn)蟲(chóng),再對(duì)利用所獲秀麗線(xiàn)蟲(chóng)進(jìn)行ChIP(染色質(zhì)免疫共沉淀)實(shí)驗(yàn)。通過(guò)對(duì)原有ChIP實(shí)驗(yàn)方法進(jìn)行改進(jìn)和優(yōu)化,克服了兩個(gè)轉(zhuǎn)錄因子秀麗線(xiàn)蟲(chóng)中表達(dá)量小、表達(dá)時(shí)間窗口短、表達(dá)的D型神經(jīng)元細(xì)胞占秀麗線(xiàn)蟲(chóng)細(xì)胞比例少(約占2%)等瓶頸,完成了ChIP實(shí)驗(yàn),拿到了可供高通量測(cè)序(ChIP-seq)的DNA樣品。這是*次實(shí)現(xiàn)了在多細(xì)胞動(dòng)物中原位表達(dá)水平轉(zhuǎn)錄因子的ChIP-seq實(shí)驗(yàn)。轉(zhuǎn)錄因子是調(diào)控細(xì)胞中從DNA上讀取信息轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生RNA的一大類(lèi)蛋白質(zhì)因子,針對(duì)特定轉(zhuǎn)錄因子的ChIP-seq實(shí)驗(yàn),可以在全基因組水平獲知受其調(diào)控的所有靶基因。

該研究揭示這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄因子各自均調(diào)控2000多個(gè)基因(秀麗線(xiàn)蟲(chóng)約有2萬(wàn)個(gè)基因)的表達(dá),它們共同調(diào)控1300多個(gè)編碼和非編碼基因的表達(dá)。這些靶基因在對(duì)神經(jīng)元發(fā)育和可塑性具有重要調(diào)控作用的多個(gè)信號(hào)通路中行使功能。其中一個(gè)通路是決定環(huán)腺苷酸(cAMP)濃度的cAMP代謝通路。為了直接觀測(cè)活體秀麗線(xiàn)蟲(chóng)細(xì)胞中的cAMP濃度變化,研究人員開(kāi)創(chuàng)性地將用于哺乳動(dòng)物細(xì)胞中檢測(cè)cAMP水平的探針改造為在活體秀麗線(xiàn)蟲(chóng)中也可以使用工具。進(jìn)一步的研究揭示,這兩個(gè)在動(dòng)物界高度保守的轉(zhuǎn)錄因子通過(guò)調(diào)節(jié)神經(jīng)元中的基因表達(dá),調(diào)控了細(xì)胞中cAMP的濃度,進(jìn)而在時(shí)間上影響D型運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元發(fā)育和可塑性的進(jìn)程。此外,UNC-30和UNC-55是從秀麗線(xiàn)蟲(chóng)到人均具有的高度保守的轉(zhuǎn)錄因子,從全基因組水平上獲得了UNC-30和UNC-55調(diào)控的靶基因,為進(jìn)一步探索動(dòng)物細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了重要基礎(chǔ)。

研究工作得到了科技部、中科院、國(guó)家基金委以及中國(guó)科大非編碼RNA功能及功能機(jī)理創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)的支持。(生物谷Bioon.com)侵刪

 

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