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原代細胞間的甲基化變異如何解析?

時間:2018-4-25閱讀:248
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原代細胞具有非常高的異質(zhì)性,在胚胎干細胞群體中不同的子群具有不同的細胞狀態(tài),并在基因表達、轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控及表觀遺傳修飾方面均表現(xiàn)出廣泛的差異。異質(zhì)的 DNA 甲基化在平衡 ESCs 自我更新和多分化潛能之間具有重要作用,因此細胞間 DNA 甲基化異質(zhì)性的研究對于理解胚胎干細胞生物學(xué)問題十分重要。近年來,單細胞測序技術(shù)已經(jīng)成為研究復(fù)雜組織中細胞間甲基化異質(zhì)性的有力工具,但怎樣分析并解釋單細胞間的甲基化變異仍具有很大挑戰(zhàn)。

中國科學(xué)院北京基因組所呂雪梅研究組與美國弗吉尼亞理工大學(xué)謝荷煌研究團隊合作,利用小鼠胚胎干細胞得到的單細胞 DNA 甲基化測序數(shù)據(jù),開發(fā)了一套生物信息分析流程,挖掘 ESCs 中的細胞子群特異 DNA 甲基化(CSM)。

由于當(dāng)前原代細胞甲基化組數(shù)據(jù)具有覆蓋細胞數(shù)少、測序乘數(shù)低以及 DNA 擴增偏好等缺陷,導(dǎo)致對等位基因特異甲基化(ASM)、非對稱性甲基化(AM)在內(nèi)的細胞內(nèi) DNA 甲基化異質(zhì)性,和真正的 CSM 之間的區(qū)分能力十分受限。因此科研人員在過濾掉這些細胞內(nèi)甲基化變異的干擾后,開發(fā)了新的統(tǒng)計模型,即“混合貝塔模型”以鑒定出真正的 CSM 位點。

GPC標(biāo)樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-970-500mg 苯磺suan甲酯 1.0g 500mg

GPC標(biāo)樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-969-1g 對甲苯磺suan乙酯 1.0g 1g

GPC標(biāo)樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-965-5g 對甲苯磺suan(一水合物) 1.0g 5g

GPC標(biāo)樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-965-10g 對甲苯磺suan 1.0g 10g

蔗糖 標(biāo)準(zhǔn)品 CDCP-O-873-5g 2.6-二叔丁基對甲酚 瓶 5g

蔗糖 標(biāo)準(zhǔn)品 CDCP-O-873-10g 2,6-二叔丁基對甲酚 瓶 10g

1,2,3-三lv丙烷 CDCP-O-830-5g 葡萄糖suan內(nèi)酯 100μg/mL in MeOH;1ml 5g

鄰苯二甲suan二異丁酯 標(biāo)準(zhǔn)品 CDCP-O-830-1g D(+)-葡萄糖suan-δ-內(nèi)酯 1ml,100mg/L于異辛烷 1g
原代細胞

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