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PCR疑難問題:熒光定量PCR

時間:2020/6/16閱讀:551
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實時熒光定量PCR(quantitative PCR, qPCR)通過對PCR擴(kuò)增反應(yīng)中的每一個循環(huán)產(chǎn)物熒光信號的實時監(jiān)測從而實現(xiàn)對起始模板的定性及定量分析。目前它主要通過兩種方式——熒光染料或者熒光標(biāo)記的探針對PCR產(chǎn)物進(jìn)行標(biāo)記跟蹤,實時在線監(jiān)控反應(yīng)過程,并結(jié)合相應(yīng)的軟件對產(chǎn)物進(jìn)行分析,計算待測樣品模板的初始濃度。

熒光定量PCR,qPCR

熒光染料法

在PCR反應(yīng)體系中,加入過量熒光染料,該染料只與雙鏈DNA小溝結(jié)合,并不與單鏈DNA鏈結(jié)合,而且在游離狀態(tài)不發(fā)出熒光,只有摻入DNA雙鏈中才可以發(fā)光,因此,在PCR體系中,隨著特異性PCR產(chǎn)物的指數(shù)擴(kuò)增,每個循環(huán)的延伸階段,染料摻入雙鏈DNA中,其熒光信號強(qiáng)度與PCR產(chǎn)物的數(shù)量呈正相關(guān)。

武漢艾美捷科技專注為客戶提供整體打包方案,可提供EvaGreen、SolisGreen和SYBR等多種染料qPCR預(yù)混液。

EvaGreen、SolisGreen、SYBR染料

熒光染料包括飽和熒光染料非飽和熒光染料,非飽和熒光染料的典型代表就是現(xiàn)在丨常用的SYBR GreenⅠ,EvaGreen、SolisGreen屬于飽和熒光染料。非飽和熒光染料在濃度高的時候會對PCR過程產(chǎn)生抑制,所以在熒光定量實驗時使用濃度稍低,染料不能占據(jù)DNA雙鏈上的所有位置。當(dāng)PCR隨著溫度上升,雙鏈逐漸解鏈,染料會從已解開的單鏈上脫落,然后結(jié)合到臨近的尚未解鏈的雙鏈中去繼續(xù)發(fā)熒光。這種染料重排導(dǎo)致在較小的溫度變化內(nèi),雖然DNA雙鏈的解鏈過程不同,但熒光值是幾乎不變的,也就是說,其溶解曲線不能精確反應(yīng)雙鏈的解鏈情況。

所以,對于非飽和染料,其溶解曲線分辨率相對較低,只能區(qū)分特異性的產(chǎn)物,不能分辨單堿基的差異。飽和熒光染料在DNA雙鏈中所有可結(jié)合位點內(nèi)都會有染料分子存在,染料與DNA的結(jié)合呈飽和狀態(tài),隨著溫度上升,在雙鏈解鏈、染料脫離過程中,未解鏈的雙鏈部分不存在染料可以結(jié)合的位點,染料不能發(fā)生重排。所以使用飽和染料制作的溶解曲線分辨率很高,可以精確反映DNA雙鏈隨著溫度的解鏈情況,精度可以達(dá)到單堿差異的區(qū)分。

熒光標(biāo)記的探針法

PCR擴(kuò)增時,加入一對引物的同時再加入一個特異性的熒光探針。該探針為一直線型的寡核苷酸,兩端分別標(biāo)記一個熒光報告基團(tuán)和一個熒光淬滅基團(tuán), 探針完整時,報告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號被淬滅基團(tuán)吸收,PCR 儀檢測不到熒光信號; PCR擴(kuò)增時(在延伸階段),Taq 酶的5'→3'外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離,從而熒光監(jiān)測系統(tǒng)可接收到熒光信號,即每擴(kuò)增一條 DNA 鏈,就有一個熒光分子形成,實現(xiàn)了熒光信號的累積與 PCR 產(chǎn)物形成*同步,這也是定量的基礎(chǔ)所在。

SYBR染料qPCR預(yù)混液2.0,貨號:QP031

5x 多重探針qPCR預(yù)混液,貨號:08-01-00001

快速探針qPCR預(yù)混液,貨號:28-21-00001

5×探針qPCR預(yù)混液,ROX,貨號:QP036

5×qPCR預(yù)混液,貨號:08-24-00001

染料法VS探針法

1.探針法通過探針可以增加反應(yīng)收集信號的特異性,只有探針結(jié)合的片段上發(fā)生擴(kuò)增才能收集到信號,探針法能夠用多重體系反應(yīng),能夠預(yù)測和提前進(jìn)行反應(yīng)條件的優(yōu)化,缺點是要合成探針,成本高

2.染料法經(jīng)濟(jì)實惠,可以做溶解曲線,分析全部PCR產(chǎn)物的TM值,缺點就是特異性沒有探針法好

艾美捷科技有限公司,通過提供完整的產(chǎn)品和服務(wù)體系、便利的客戶關(guān)系和供應(yīng)鏈管理,為生命科學(xué)研究工作者提供整體打包方案。我們的企業(yè)的核心價值觀:“激情、敬業(yè)、學(xué)習(xí)、創(chuàng)新、合作、卓丨越”。激發(fā)我們內(nèi)在的創(chuàng)造力,提供有競爭力的生物醫(yī)學(xué)產(chǎn)品和服務(wù),持續(xù)為客戶創(chuàng)造大價值是我們的企業(yè)使命。我們的企業(yè)愿景是成為受人尊重、世界1流的生物醫(yī)學(xué)產(chǎn)品及服務(wù)供應(yīng)商。更多精彩關(guān)注艾美捷公眾號:amyjetsci  

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