核酸熒光染料對(duì)細(xì)胞核進(jìn)行染色，定量測(cè)定細(xì)胞的熒光強(qiáng)度，從而可以測(cè)定細(xì)胞核中DNA和RNA的含量，分析細(xì)胞周期和細(xì)胞增殖情況。有多種熒光染料可以對(duì)細(xì)胞中的 DNA 或 RNA 進(jìn)行染色。常用的DNA染料有碘化丙啶（PI）、DAPI、Hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。
熒光染料PI（碘化丙啶）是一種可以對(duì)DNA進(jìn)行染色的核染色試劑。它常用于細(xì)胞凋亡檢測(cè)。英文全稱是Propidium Iodide。它是一種溴化乙錠類似物，嵌入雙鏈 DNA 后會(huì)發(fā)出紅色熒光。雖然 PI 不能穿過活細(xì)胞膜，但它可以穿過受損的細(xì)胞膜并對(duì)細(xì)胞核進(jìn)行染色。 PI 通常與 Calcein-AM 或 FDA 等熒光探針一起使用，以同時(shí)對(duì)活細(xì)胞和死細(xì)胞進(jìn)行染色。 PI-DNA復(fù)合物的激發(fā)波長(zhǎng)和發(fā)射波長(zhǎng)分別為535 nm和615 nm。
溴化乙錠是一種高度敏感的嵌入熒光染料，是一種強(qiáng)致癌誘變劑，但價(jià)格便宜。它與 DNA 的結(jié)合幾乎沒有堿基序列特異性。在高離子強(qiáng)度的飽和溶液中，每 2.5 個(gè)堿基插入大約 1 個(gè)溴化乙錠分子。 EB 的這一特性使其成為常用于瓊脂糖凝膠電泳中核酸染色的核酸染料。溴化乙錠在紫外區(qū)的302nm和366nm處有吸收峰。在紫外光照射下，溴化乙錠可激發(fā)出橙紅色熒光（590nm）。與 DNA 結(jié)合的溴化乙錠復(fù)合物發(fā)出的熒光比不結(jié)合 DNA 的染料強(qiáng) 20-30 倍，因此溴化乙錠可以檢測(cè)小至 10 ng 的 DNA 帶，并且非常靈敏。
Biotium公司研發(fā)推出的EB替代染料，具有與EB相似的染色效果，且在紫外光照射下不易淬滅，因此可用于膠水回收。但價(jià)格較貴。
GelRed和GelGreen是兩種優(yōu)秀的熒光核酸凝膠染色試劑，兼具高靈敏度、低毒性和超穩(wěn)定性。其水溶性染料已通過美國(guó)EPA安全認(rèn)證，廢物可直接倒入下水道，不會(huì)造成任何環(huán)境污染。
其特點(diǎn)是：
1）靈敏度高：GelRed和GelGreen是市場(chǎng)上靈敏度最高的凝膠核酸染料之一；
2）穩(wěn)定性佳：可微波爐加熱，可常溫保存；
3）更安全：艾姆斯測(cè)試結(jié)果表明該染料的致突變性遠(yuǎn)小于溴化乙錠（EB）；
4）適應(yīng)性廣：適用于預(yù)制膠和膠后電泳染色；
5）染色過程簡(jiǎn)單：與EB一樣，無需擔(dān)心預(yù)制膠和電泳過程中染料降解；電泳后染色過程僅需30分鐘，無需脫色或水洗；
6) 對(duì)DNA和RNA遷移影響?。簩?duì)核酸遷移影響比SYBR Green I???；
7）與標(biāo)準(zhǔn)凝膠成像系統(tǒng)和可見光激發(fā)的凝膠觀察裝置兼容：使用312nm激發(fā)的UV凝膠成像系統(tǒng)時(shí)，GelRed可以替代EB； GelGreen 足以替代凝膠觀察裝置中的任一 SYB 染料。然而，這種染料會(huì)使小 DNA 片段遷移得更慢（與 EB 相比）。
Goldview對(duì)于大的DNA片段有很好的染色效果，但是對(duì)于500bp以下的片段則不太好。另一個(gè)致命的弱點(diǎn)是它的熒光團(tuán)在紫外光下很容易猝滅，通常需要5-10分鐘。會(huì)消失。 Goldview 也不適合膠水回收。 Goldview實(shí)際上是AO（吖啶橙，劇毒產(chǎn)品），其熒光效果遠(yuǎn)不如EB，靈敏度差，底色嚴(yán)重，不適合回收，不穩(wěn)定，在紫外光下誘導(dǎo)突變的能力較差高。
穩(wěn)定性差，毒性大。屬于花青素核酸染料?；ㄇ嗨厝玖喜⒎菬o毒，只是低毒。電泳等級(jí)已修改。改性有以下三種： 1.添加鹵素或氰基。 2.插入環(huán)狀羥基。 3、添加穩(wěn)定劑。 SYBR Green I 是一種高靈敏度 DNA 熒光染料，適用于各種電泳分析，操作簡(jiǎn)單：無需脫色或洗滌。至少可以檢測(cè)到20pg DNA，比EB染色高25-100倍。當(dāng)SYBR Green I與雙鏈DNA結(jié)合時(shí)，熒光信號(hào)將增強(qiáng)800-1000倍。 SYBR Green I 染色的凝膠樣品熒光信號(hào)強(qiáng)，背景信號(hào)低。 SYBR Green 和 SYBR Gold 的穩(wěn)定性遠(yuǎn)不如 EB。SYBR系列染料還可進(jìn)入細(xì)胞對(duì)細(xì)胞核中的線粒體和DNA進(jìn)行染色，造成傷害。 SYBR Green I已被證明在紫外線照射下具有很強(qiáng)的誘變能力，使DNA或其他物質(zhì)發(fā)生突變。 （您也可能對(duì)。。。有興趣熒光染料示例和應(yīng)用）
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