液相色譜儀在水環(huán)境監(jiān)測中的應用主要分為三個方面：一方面是對傳統(tǒng)監(jiān)測項目指標的監(jiān)測；一方面是針對水體中的有機物進行監(jiān)測；另一方面是利用其分離的技術特點在對水體中污染物質總量的監(jiān)測的基礎之上對不同價態(tài)及其形態(tài)的污染物進行分類定量監(jiān)測。 
    對傳統(tǒng)污染物的監(jiān)測 
    對傳統(tǒng)污染物的監(jiān)測主要是針對日常水體中常見污染物的重點監(jiān)測。根據國家的相關要求及其本站的實際監(jiān)測條件，對水體中主要污染物的監(jiān)測包括了重金屬元素（銅、鋅、砷、汞、鎘、鉻等）、營養(yǎng)元素（氮、磷、鉀等）、特殊元素（硒、氯、硫等）。通過如上監(jiān)測對水體的日常污染狀況進行把握與評價。同時，傳統(tǒng)污染物的監(jiān)測還包括了對特定企業(yè)排污點的污水監(jiān)測，作為其環(huán)保達標的重要依據。 
    對水體中的有機物 
    在傳統(tǒng)的污染物的基礎之上工業(yè)以及農業(yè)淋容等多方面因素會對水體中造成一定的有機物污染，在針對有機物的污染監(jiān)測過程中傳統(tǒng)的監(jiān)測方法無法在精度與效率方面達到要求。在此方面應用液相色譜儀在對有機物進行定型的同時進行定量的監(jiān)測。主要監(jiān)測的項目包括了，工業(yè)有機污染物（氰化物、）揮發(fā)酚、石油類、總有機物等）、農業(yè)有機物（如殺蟲劑、除草劑、消化抑制劑）、特殊有機物（微生物代謝物、醫(yī)療污染物、生活污水等）。針對如上的有機物監(jiān)測一方面能夠對水體中有機污染現狀進行評價，另一方面可以鑒別污染物種類進而對排查污染源提供一定的幫助。 
    對不同價態(tài)及其形態(tài)的污染物的監(jiān)測 
    同種化學元素的不同存在價態(tài)以及形態(tài)對其生物毒性的影響至關重要。比如鉻元素在水體中存在三價與六價之分，其中三價鉻毒性較小且對在較大濃度范圍內對人體有益，而六價鉻則表現為較強的生物毒性，在較低濃度下對人體造成較大危害。在水環(huán)境的監(jiān)測過程中傳統(tǒng)的六價鉻的監(jiān)測方法是利用六價鉻與二苯碳酰二肼的顯色反映進行檢測的。這種檢測方式由于收到氧化還原條件的影響容易造成較大誤差，進而使得對水體環(huán)境的判斷失準。采用液相色譜儀能夠同時監(jiān)測同種元素的不同價態(tài)進而對水體的污染物及其毒性進行更好的定量分析，為后續(xù)的環(huán)境評價與治理奠定基礎。