長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一類轉(zhuǎn)錄本長度超過200 nt、不編碼蛋白的RNA。lncRNA起初被認(rèn)為是基因組轉(zhuǎn)錄的“噪音”，不具有生物學(xué)功能。然而，近年來的研究表明lncRNA能在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)控基因表達(dá)，參與X染色體沉默、基因組印記以及染色質(zhì)修飾、轉(zhuǎn)錄激活、轉(zhuǎn)錄干擾、核內(nèi)運(yùn)輸?shù)榷喾N重要的調(diào)控過程。lncRNA與人類疾病的發(fā)生、發(fā)展和防治有著密切的。

雖然越來越多的lncRNA被發(fā)現(xiàn)，但是人們現(xiàn)在了解到的lncRNA只是冰山一角，絕大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的。目前主要通過lncRNA芯片或新一代測序等方法對lncRNA進(jìn)行功能研究?，F(xiàn)階段，基因芯片技術(shù)發(fā)展趨于成熟穩(wěn)定，在此平臺(tái)上，通過設(shè)計(jì)不同的lncRNA探針，可以更加快速、高通量地篩選出疾病或特定生物學(xué)過程中差異表達(dá)的lncRNA和mRNA信息，zui終找到lncRNA的靶基因位點(diǎn)深入分析調(diào)控機(jī)制。

lncRNA特征

（1）結(jié)構(gòu)特征：lncRNA長度大于200nt，具有mRNA樣結(jié)構(gòu)，部分具有poly(A)尾巴；

（2）組織特異性：不同組織之間的lncRNA表達(dá)量不同；

（3）時(shí)空特異性：同一組織或器官在不同生長階段，其中的lncRNA表達(dá)量也會(huì)變化；

（4）調(diào)控多樣性：lncRNA可從染色質(zhì)重塑、轉(zhuǎn)錄調(diào)控及轉(zhuǎn)錄后加工等多種層面實(shí)現(xiàn)對基因表達(dá)的調(diào)控；

（5）亞細(xì)胞定位：lncRNA的亞細(xì)胞位置上也呈多樣化，在細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞器均有分布；

（6）疾病特征性：lncRNA在腫瘤與其它疾病中有特征性的表達(dá)方式。

lncRNA篩選

（1）通過lncRNA芯片或RNA測序等方法對多對疾病模型和對照樣本組織進(jìn)行lncRNA表達(dá)譜分析；

（2）通過生物信息學(xué)的方法篩選出具有表達(dá)差異的lncRNA，構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，預(yù)測lncRNA的靶基因；

（3）通過PCR或Northern Blot技術(shù)對候選lncRNA驗(yàn)證，確定其表達(dá)差異。

lncRNA全長克隆

（1）可以通過5'RACE獲取lncRNA 5'全長，3'RACE獲取lncRNA 3'全長，zui終拿到完整的lncRNA序列。

表達(dá)分析

（1）細(xì)胞水平表達(dá)：在細(xì)胞水平進(jìn)行檢測表達(dá)差異；

（2）組織分布：檢測不同組織、不同階段表達(dá)特性；

（3）表達(dá)水平動(dòng)力學(xué)變化：比較不同處理?xiàng)l件下，如藥物處理、誘導(dǎo)處理下，表達(dá)水平差異。

功能研究

（1）功能獲得性研究：構(gòu)建lncRNA過表達(dá)載體；

（2）功能缺失性研究：可通過siRNA、shRNA、反義核酸等方法沉默lncRNA，干預(yù)lncRNA后檢測其對疾病相關(guān)基因表達(dá)影響和對細(xì)胞表型如增值、凋亡、侵襲、轉(zhuǎn)移等的影響；可通過RNA pull down、RNA-RIP、ChIRP-seq等方法檢測與lncRNA結(jié)合的DNA、RNA、蛋白質(zhì)；

（3）表達(dá)調(diào)控：將lncRNA表達(dá)與其他領(lǐng)域相結(jié)合，解釋lncRNA調(diào)控機(jī)理；

（4）轉(zhuǎn)錄因子：研究lncRNA與轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控機(jī)制；

（5）染色質(zhì)重塑：lncRNA表觀調(diào)控；

（6）ceRNA機(jī)制：研究lncRNA-miRNA-mRNA三者之間的調(diào)控機(jī)制。