ATCC菌種采用遺傳育種的方法，使野生型菌株(從自然界分離篩選而得的出發(fā)菌株)的遺傳因子DNA發(fā)生突變、重組，從而從中選出產(chǎn)量高、成品質(zhì)量好或具有新的培養(yǎng)特性如耐產(chǎn)物抑制、能利用廉價(jià)原料以及具有新品種能力的優(yōu)良菌種。
采用的方法有誘變育種、雜交育種、細(xì)胞融合技術(shù)和重組DNA技術(shù)。
誘變育種是利用誘變因子如紫外線、鈷－60、乙烯亞胺類等物理或化學(xué)誘變劑處理菌株的單孢子懸浮液，以獲得誘發(fā)突變株。隨后進(jìn)行突變株的篩選，從中篩選高產(chǎn)菌株。由于隨機(jī)的突變?nèi)后w中，有益突變所占比例很低，要獲得高產(chǎn)突變株必須進(jìn)行大量篩選。近年來(lái)，隨著發(fā)酵代謝控制研究的發(fā)展,可根據(jù)生物合成途徑中的反應(yīng)點(diǎn),并通過(guò)它們的改變以提高產(chǎn)率或其他特性，如選育抗產(chǎn)物反饋抑制的突變株、增加細(xì)胞透性的突變株及營(yíng)養(yǎng)缺陷型的突變株等。這種“理性篩選法”廣泛應(yīng)用于氨基酸產(chǎn)生菌的選育。
ATCC菌種的分離有組織分離、孢子分離及基質(zhì)內(nèi)菌絲分離三種方法。基質(zhì)內(nèi)菌絲分離因易污染較少采用。ATCC菌種法多在研究及菌株復(fù)壯時(shí)采用。規(guī)模時(shí)采用的是子實(shí)體菌絲分離法，該法操作簡(jiǎn)便，且能保持原有菌株的優(yōu)良品性。

 磷酸化低密度脂蛋白受體相關(guān)蛋白6IgG 人抗流行性出血熱病毒IgM (EHF) 

 磷酸化端粒酶結(jié)合蛋白P23IgG 人抗磷脂酰絲氨酸(APSA) 

 磷酸化多聚合苷酸激酶3磷酸化酶IgG 人抗磷脂(Apl/APA)

 磷酸化翻譯控制腫瘤蛋白IgG 人抗磷壁酸(TA) 

 磷酸化泛素連接酶NEDD4-2IgG 人抗淋巴球蛋白(ALG) 

 磷酸化非受體酪氨酸蛋白激酶2IgG 人抗淋巴毒(ALA/LCA) 

 磷酸化非受體型酪氨酸蛋白激酶IgG 人抗鏈球菌溶血素O/抗O(ASO)

 磷酸化非受體型酪氨酸蛋白激酶IgG 人抗利尿激素/血管加壓素/精氨酸加壓素(ADH/VP/AVP)

 磷酸化非受體型酪氨酸蛋白激酶Tnk1IgG 人抗類固醇生成(SCA) 
ATCC菌種