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二手定量PCR儀，由熒光定量系統(tǒng)和計算機組成，用來監(jiān)測循環(huán)過程的熒光。與實時設(shè)備相連的計算機收集熒光數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)通過開發(fā)的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數(shù)據(jù)被繪制成熒光強度相對于循環(huán)數(shù)的圖表。原始數(shù)據(jù)收集后可以開始分析。二手定量PCR儀的軟件能使收集到的數(shù)據(jù)進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設(shè)定域值水平，這就是分析熒光數(shù)據(jù)的水平。
現(xiàn)在的二手定量PCR儀大都是用半導(dǎo)體制冷片來控制溫度的，其通電后一面熱另一面冷，反向電極則熱冷面反向。半導(dǎo)體制冷片雖然是工業(yè)化生產(chǎn)，都幾乎都是手工的生產(chǎn)的，因此每一片都有差別，大的生產(chǎn)商會根據(jù)用戶的需要進行配對，如一臺二手PCR儀要三片就三片配成大致相同的阻值。阻值一般是廠家寫在每片制冷片上的（自己用萬用表是量不準的，因為一通電其溫度就變化，阻值就會改變）。
因此半導(dǎo)體片的質(zhì)量會影響PCR儀的均勻性。一般大的生產(chǎn)廠家出廠時問題不大，但使用一段時間后，半導(dǎo)體片的性能會下降，但下降程度并不一致，則溫度差別就表現(xiàn)出來了。
普通的PCR儀：把一次二手PCR儀擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，叫傳統(tǒng)的PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。該儀器主要應(yīng)用于科研研究，教學(xué)，醫(yī)學(xué)臨床，檢驗檢疫等機構(gòu)。
梯度PCR儀：把一次性pcr擴增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件，通常12種溫度梯度，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。因為被擴增的不同DNA片段，其zui適退火溫度不同，通過設(shè)置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增，就可以篩選出表達量高的zui適退火溫度，進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節(jié)約成本的同時也節(jié)約了時間。主要用于科研，教學(xué)機構(gòu)。梯度PCR儀，在不設(shè)置梯度的情況下也可以做普通二手PCR儀擴增。
一般二手定量PCR儀都是多片半導(dǎo)體，普通維修會只更換其中一片，這樣就會造成新的跑得快，舊的跑得慢，溫度差別就大了。如果每片半導(dǎo)體片下面都有各自的溫度傳感器，則可以補償一些，如果是像AB的低端型號2720，4片半導(dǎo)體片只有一個溫度傳感器，則問題大了。當然更換半導(dǎo)體片后的裝配也是技術(shù)性很強的活，不經(jīng)過嚴格的培訓(xùn)是做不到家的。這也是為什么大廠一般不在現(xiàn)場維修，而是要返廠，并且是一次性更換一套半導(dǎo)體片，因此成本較高。
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