①分離分析藥物的組合含量：由于一種藥劑常含有多組分，色譜方法是既能分離又能定量的方法。如脂溶性維生素片，含有鉻維生素，有C18柱及含1%碳酸銨的甲醇為流動相。一次即可將各維生素B6、D1、A、E同時分離并定出含量。又如止痛藥或退燒藥也可用此法分離并測得各組分的含量。
 

②藥物生產(chǎn)中進行中間控制：生產(chǎn)抗菌素時，首先要了解發(fā)酵液中的主體與付產(chǎn)物的存在情況。例如：青霉素、四環(huán)素、頭孢子菌素、紅霉素、柔紅霉素、慶大霉素等的發(fā)酵產(chǎn)物，均可用C18柱和甲醇及緩沖液配制的流動相或用離子對法，分析主體及其收產(chǎn)物的含量。對普魯卡因酰胺、茶堿等可進行主體含量的測定，對硝酸甘油可測定主體含量及其降解產(chǎn)物，以便保證藥物的熱量。
 

③分析藥物在體內(nèi)的殘量：這是近來研究新藥效能很主要的內(nèi)容之一，如冬凌草甲素是植物中的一組分，有抗癌效果，但是毒性大。測定其在血清中含量很重要，現(xiàn)在可用C18柱及甲醇水為流動相，測定處理后的血清樣品，即可得到血中的含量。如磺胺類藥品在血清及尿中含量也不允許太大，可用C18柱及酸性乙醇為流動相，測定含量后，則可估計合適的用藥劑量。又如四環(huán)素、巴比妥酸、止痛藥、退燒藥、護糖尿病的藥物等，在血或尿中的含量都可用C18柱用甲醇、水為流動相來測定含量。因此，反相色譜法應用范圍極廣。

④測定藥物在各種器官中的代謝產(chǎn)物，特別是研究藥物的代謝產(chǎn)物在血清中存在的情況。如測血清中的酮酸及戊二酸。測尿中代謝產(chǎn)物更為方便，不需要繁鎖的預處理。因為研究尿中的組分能鑒別病人的代謝功能，對病理研究或監(jiān)床診斷均具有重要的參考價值。