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無菌均質器又叫拍打式均質器，或無菌均質機。使用無菌均質器只需將樣品和稀釋液加入到無菌的樣品袋中，然后將樣品袋放入拍擊式均質器中即可完成樣品的處理。有效地分離被包含在固體樣品內部和表面的微生物均一樣品，確保無菌袋中混合全部的樣品。處理后的樣品溶液可以直接進行取樣和分析，沒有樣品的變化和交叉污染的危險。
均質器使樣品處理過程中*的設備。常用的均質器主要是旋轉均質器和拍擊式均質器。
旋轉式均質器是靠旋轉的刀片將均質杯中的樣品打碎。缺點是每次均質都要更換刀片和均質杯，樣品易受到污染，均質過程中容易產生熱量使樣品中的微生物受損。
拍擊式均質器使用無菌均質袋，拍擊的機械裝置作用在均質袋上，不和樣品直接接觸，因此不會受污染。拍擊式均質器由于使用方便，不易受污染，使用越來越廣泛。但其缺點是均質的力量不足，對于堅硬的樣品不但無法均質均勻，還會引起均質袋的破損。
注意事項
1.使用前先將電源插頭固定牢靠后，再打開機器開關。插頭不能使其出現松動，因為機器工作時會產生振動導致插頭脫落。這種突然短點對機器會造成損傷。
2.均質器工作時不準隨便打開均質器門，防止樣液飛濺(有的均質器打開門以后自動停止拍擊均質)，一定要先關機器再開門，然后同樣關閉門之后再開機。
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