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單細(xì)胞分離是研究中困難的步驟之一，目前的分離策略主要分為三類：手動(dòng)分離、熒光激活的細(xì)胞分選和微流體技術(shù)。
在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄分析之前，我們需要確定自己拿到了正確的細(xì)胞。如果你想要的細(xì)胞已經(jīng)處于懸浮狀態(tài)（比如循環(huán)腫瘤細(xì)胞），而且含量相對(duì)比較豐富，那么流式細(xì)胞分析將是你的理想選擇。如果樣本是實(shí)體組織，我們可以用酶分解掉膠原和其他細(xì)胞外蛋白。不過(guò)酶學(xué)消化對(duì)細(xì)胞影響較大，甚至可能改變基因轉(zhuǎn)錄情況。
把組織細(xì)胞制成懸液之后，我們就可以通過(guò)特異性的熒光標(biāo)簽分離出自己想要的細(xì)胞，進(jìn)一步拿到單細(xì)胞是比較棘手的一步，可能需要用到微流體設(shè)備。
單細(xì)胞分離法是一種從待分離的材料中直接分離單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng)獲得純培養(yǎng)的方法。該法在顯微鏡下操作，對(duì)于體積較大的微生物，可以用毛細(xì)管提取微生物個(gè)體；對(duì)較小的細(xì)胞或孢子，可以用顯微針、鉤、環(huán)等挑取以獲得單細(xì)胞；也可將適當(dāng)稀釋后的樣品制成小液滴，在顯微鏡下選取只含有一個(gè)細(xì)胞的液滴培養(yǎng)。
對(duì)于個(gè)體相對(duì)較小的微生物，需采用顯微操作儀，在顯微鏡下進(jìn)行。目前，市場(chǎng)上有售的顯微操作儀種類很多，一般是通過(guò)機(jī)械、空氣或油壓傳動(dòng)裝置來(lái)減小手的動(dòng)作幅度，在顯微鏡下用毛細(xì)管或顯微針、鉤、環(huán)等挑取單個(gè)微生物細(xì)胞或孢子以獲得純培養(yǎng)。
在沒(méi)有顯微操作儀時(shí)，也可采用一些變通的方法在顯微鏡下進(jìn)行細(xì)胞分離，例如，將經(jīng)適當(dāng)稀釋后的樣品制備成小液滴在顯微鏡下觀察，選取只含一個(gè)細(xì)胞的液滴進(jìn)行培養(yǎng)以獲得純培養(yǎng)。單細(xì)胞分離法對(duì)操作技術(shù)有比較高的要求，多限于高度專業(yè)化的科學(xué)研究中采用。
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