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單細(xì)胞分離法是一種從待分離的材料中直接分離單個細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng)獲得純培養(yǎng)的方法。該法在顯微鏡下操作，對于體積較大的微生物，可以用毛細(xì)管提取微生物個體；對較小的細(xì)胞或孢子，可以用顯微針、鉤、環(huán)等挑取以獲得單細(xì)胞；也可將適當(dāng)稀釋后的樣品制成小液滴，在顯微鏡下選取只含有一個細(xì)胞的液滴培養(yǎng)。
細(xì)胞分離的手段主要是通過將細(xì)胞懸浮后做高通量篩選，其中主要使用的是流式細(xì)胞熒光分選技術(shù)（FACS）或者免疫磁性細(xì)胞分選法（MACS），這兩種方法在臨床上目前均廣泛應(yīng)于細(xì)胞篩選。然而這兩種方法均需要使用相當(dāng)大量數(shù)量的細(xì)胞，一般在105-106數(shù)量級上，然而很多研究中，培養(yǎng)出的細(xì)胞不太容易達(dá)到這個數(shù)量級。而在少量細(xì)胞分選中，這兩種方法均面臨著挑戰(zhàn)。
微流控芯片技術(shù)的出現(xiàn)讓少量細(xì)胞分選有了新的選擇，該方法主要通過熒光、磁力、流體動力流、聲光電泳、介電泳粘附等性質(zhì)進(jìn)行分離，這種方法往往需要較低的細(xì)胞濃度來實現(xiàn)單細(xì)胞分離，因此在分離過程中需要嚴(yán)格控制進(jìn)入微流控芯片中的細(xì)胞量。
單細(xì)胞分離的優(yōu)勢主要有以下幾點：
由于蛋白和基因的隨機表達(dá)性，即使同一基因源的細(xì)胞也可能會有所不同。因此細(xì)胞分離對于克服細(xì)胞異質(zhì)性有著十分重要的意義。能夠讓研究者從一群混合細(xì)胞群中挑選特定感興趣的細(xì)胞，之后既可以用于單細(xì)胞分析，也可以用于單克隆擴增，這種檢測手段能夠檢測到常規(guī)細(xì)胞檢測手段所不能發(fā)現(xiàn)的細(xì)胞群中的多樣性。
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