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單克隆篩選在穩(wěn)定細胞系構(gòu)建實驗中，部分外源基因能夠通過細胞質(zhì)進入細胞核內(nèi)，并通過分子間重組，整合進宿主細胞染色體，不同外源基因整合位點不同，只有整合到表達區(qū)的基因才會表達。
想要獲得穩(wěn)定表達的細胞株，需要對轉(zhuǎn)染后得到的細胞池進行陽性克隆篩選，如果想要獲得穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的單克隆細胞株，還需要進行單克隆篩選。原理：細胞池篩選系統(tǒng)可以分為非基因擴增選擇系統(tǒng)與基因擴增選擇系統(tǒng)兩種?；驍U增選擇系統(tǒng)及GS系統(tǒng)常用。
轉(zhuǎn)染宿主細胞的質(zhì)粒帶有某種選擇性標記（例如代謝標記、抗生素標記等），將帶有標記的質(zhì)粒轉(zhuǎn)入宿主細胞后，利用選擇性培養(yǎng)基進行篩選，未成功轉(zhuǎn)染質(zhì)?；蜣D(zhuǎn)染位點不合適的宿主細胞會因為缺乏選擇標記，無法在選擇培養(yǎng)基上生長而死亡，成功轉(zhuǎn)染的陽性克隆可以在選擇培養(yǎng)基上生長，從而達到篩選陽性克隆的目的。
在擴增選擇系統(tǒng)中，還會對轉(zhuǎn)染后的宿主細胞施加相應(yīng)的選擇壓力，只有外源基因表達水平高的細胞株才可以存活，從而篩選得到高表達的穩(wěn)定細胞株。單克隆篩選可通過干擾核糖體功能來阻止哺乳動物細胞蛋白質(zhì)的合成，因此哺乳動物細胞無法在培養(yǎng)基上生長。將帶有抗性基因（抗生素標記）的質(zhì)粒轉(zhuǎn)入哺乳動物細胞，如果基因被整合進真核細胞基因組中合適的地方，選擇培養(yǎng)基中正常生長，而沒有成功整合抗性基因的細胞則會死亡，從而達到篩選陽性克隆的目的。
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