過氧化氫是一種代謝過程中產(chǎn)生的廢物，它能夠?qū)C體造成損害。為了避免這種損害，過氧化氫必須被快速地轉(zhuǎn)化為其他無害或毒性較小的物質(zhì)。而過氧化氫酶就是常常被細胞用來催化過氧化氫分解的工具。

但過氧化氫酶真正的生物學重要性并不是如此簡單：研究者發(fā)現(xiàn)基因工程改造后的過氧化氫酶缺失的小鼠依然為正常表現(xiàn)型，這就表明過氧化氫酶只是在一些特定條件下才對動物是*的。

一些人群體內(nèi)的過氧化氫酶水平非常低，但也不顯示出明顯的病理反應(yīng)。這很有可能是因為正常哺乳動物細胞內(nèi)主要的過氧化氫清除劑是過氧化物還原酶，而不是過氧化氫酶。

過氧化氫酶通常定位于一種被稱為過氧化物酶體的細胞器中。植物細胞中的過氧化物酶體參與了光呼吸（利用氧氣并生成二氧化碳）和共生性氮固定（將氮氣(N2）解離為活性氮原子）。

但細胞被病原體感染時，過氧化氫可以被用作一種有效的抗微生物試劑。部分病原體，如結(jié)核桿菌、嗜肺軍團菌和空腸彎曲菌，能夠生產(chǎn)過氧化氫酶以降解過氧化氫，使得它們能在宿主體內(nèi)存活。 要說明的是用酶可促進漂白的進行，羊毛在含有蛋白酶Bactosol ST的過氧化氫漂液中漂白，可顯著提高羊毛的白度和親水性。這是由于酶促進羊毛纖維初始受到快速的浸蝕，致使羊毛漂白較易進行。從此原理出發(fā)，將蛋白酶對羊毛先預處理，使纖維表面裸露，再進行漂白，顯然效果更好，且纖維損傷也易控制。