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有機(jī)物質(zhì)含量低的潔凈的湖泊能自養(yǎng)型微生物
清水型水生微生物主要是那些能生長(zhǎng)于有機(jī)物質(zhì)含量低的潔凈的湖泊和水庫(kù)中的化能自養(yǎng)型或光能自養(yǎng)型微生物。能在低營(yíng)養(yǎng)條件下生長(zhǎng)。如硫細(xì)菌、鐵細(xì)菌和球衣細(xì)菌等，對(duì)氧的要求也低。一般為水體中固有的微生物。還有能進(jìn)行光合作用的藍(lán)細(xì)菌和綠硫細(xì)菌、紫硫細(xì)菌等，僅從水域中獲取無(wú)機(jī)物質(zhì)或少量有機(jī)物質(zhì)作為營(yíng)養(yǎng)。少量異養(yǎng)微生物也能生長(zhǎng)，但屬于只在低濃度(115mgL有機(jī)物質(zhì)的培養(yǎng)環(huán)境中生長(zhǎng)的貧營(yíng)養(yǎng)細(xì)菌或稱寡營(yíng)養(yǎng)細(xì)菌(oligotrophbacteria如寡養(yǎng)土壤單胞菌(Agromonaoligotrophica就可在小于1mgL培養(yǎng)基上正常生長(zhǎng)。色桿菌屬、無(wú)色桿菌屬和微球菌能在含氮量極少的水域生長(zhǎng)；柄桿菌(Caulobactsp.也能在低營(yíng)養(yǎng)水域中生長(zhǎng)。單細(xì)胞和絲狀的藻類也可在清潔的水中生活，綠藻、硅藻和裸藻是罕見(jiàn)的種類。清水型水生微生物中還有原生動(dòng)物，罕見(jiàn)的有鞭毛蟲類和纖毛蟲類，以水中浮游植物和細(xì)菌為食，使生活的水體變得更清潔。
某些腸道微生物(包括腸道病原微生物)清潔的自然水體中一般不能臨時(shí)生存，常受水體類型、層次、季節(jié)、污染情況等各種因素的影響。淡水區(qū)域的自然環(huán)境多靠近陸地。但也有很多微生物由于不能適應(yīng)寡營(yíng)養(yǎng)水體環(huán)境而死亡。有的甚至只能存活幾天。清潔淡水水體細(xì)菌總數(shù)一般為每毫升只有幾十至幾百個(gè)。腐生型水生微生物 指在含有大量外來(lái)有機(jī)物的水體中生長(zhǎng)的微生物。的有機(jī)殘?bào)w，動(dòng)物和人類排泄物，生活污水和工業(yè)有機(jī)廢物、廢水大量進(jìn)入水體，引起水質(zhì)。由于有機(jī)物和無(wú)機(jī)鹽的濃度大大增加，致使水中微生物和原生動(dòng)物等大量發(fā)育繁殖，這類微生物主要為各種腸道桿菌、芽孢桿菌、螺菌和弧菌等，原生動(dòng)物有纖毛蟲類、鞭毛蟲類和肉足蟲類。藍(lán)細(xì)菌和藻類在腐生型水體中也大量繁殖，形成有機(jī)質(zhì)豐富的微環(huán)境，從而使腐生型細(xì)菌也隨之大量繁殖。
微生物在水體中的分布和數(shù)量由于水體環(huán)境的不同而不同。因此，淡水中的微生物主要來(lái)源于土壤、空氣、工業(yè)生產(chǎn)廢棄物、廢水及生活污水、人和動(dòng)物的排泄物以及死亡的動(dòng)植物尸體等。事實(shí)上，土壤中所有細(xì)菌、放線菌和大部分真菌，水中幾乎都能找到并且成為淡水中的固有種。
大氣水和雨雪僅為空氣塵埃所攜帶的微生物所污染。尤其在長(zhǎng)時(shí)間降雨過(guò)程的后期，數(shù)量不高。菌數(shù)較少甚至可達(dá)無(wú)菌狀態(tài)。高山積雪中也很少。主要有各種細(xì)菌和放線菌及真菌的孢子。
因此鄉(xiāng)村下游河水中的微生物無(wú)論在數(shù)量上還是種類上都要比上游河水中的豐富得多。河水中藻類、細(xì)菌和原生動(dòng)物等都有存在一般1mL腐生型水中細(xì)菌數(shù)目可多達(dá)幾千萬(wàn)甚至幾億個(gè)。細(xì)菌種類上主要是芽孢桿菌屬、梭菌屬、變形菌屬、大腸桿菌、糞鏈球菌(Streptococcufaecali和弧菌(Vibrisp．)螺菌(Spiriliumsp．)另外還有大量酵母菌。流動(dòng)的江河流水中微生物的種類與流經(jīng)接觸的土壤和是否流經(jīng)鄉(xiāng)村密切相關(guān)。河水流經(jīng)鄉(xiāng)村時(shí)可由于大量的鄉(xiāng)村污水、污物進(jìn)入河流而有大量的微生物進(jìn)入河水。
池塘水一般由于靠近村舍。且受人畜糞便污染，有機(jī)物進(jìn)入量較豐富。因此往往有大量腐生型細(xì)菌、藻類、原生動(dòng)物生存和繁殖。水體表層常有好氧細(xì)菌生長(zhǎng)和單細(xì)胞或絲狀藻類繁殖，而在下層和底泥層則常有厭氧或兼性厭氧細(xì)菌分布，如脫硫弧菌屬、甲烷桿菌屬(Methanobacterium和甲烷球菌屬(Methanococcu以及鞘細(xì)菌。
湖泊中的微生物分布與池塘中的相類似。但在大型湖泊中。致使微生物的分布在各部分水體中有所差異。一般沿岸水域中的微生物要比湖泊中心水域中的微生物豐富得多、活性也高。自養(yǎng)細(xì)菌是許多湖泊的土著微生物，由于水體不流動(dòng)性和污染物分布不均勻。這些微生物對(duì)于湖泊的營(yíng)養(yǎng)物循環(huán)起著非常重要的作用。湖泊中常見(jiàn)的自養(yǎng)細(xì)菌是藍(lán)細(xì)菌和紫色、綠色光合細(xì)菌，藍(lán)細(xì)菌主要為微囊藻和魚腥藻，淡水生境中主要的水生微生物。湖泊中化能自養(yǎng)菌在氮、硫和鐵循環(huán)中起著重要的作用，特別是硝化單胞菌、硝化桿菌和硫桿菌在淡水微生物群落中是重要的成員。
湖泊中。如光穿透、溫度和氧氣濃度等，由于在垂直方向上許多非生物因素的差別。使細(xì)菌分布有很大的不同。接近湖面的地方，光穿透有利于藍(lán)細(xì)菌的光能自養(yǎng)代謝，通常藍(lán)細(xì)菌數(shù)目很高，更深地方的藍(lán)細(xì)菌則為外來(lái)微生物。湖泊較深的地方，因氧氣濃度很小，存在足夠的H2S并且還有足夠的光穿透，故生活有厭氧的營(yíng)光能自養(yǎng)生活的綠菌科(Chlorobiacea和紅硫菌科(Chromatiacea從湖面到湖底都有異養(yǎng)細(xì)菌的分布，但是以有機(jī)物濃度高的地方數(shù)量為多。湖底堆積泥外表厭氧光能自養(yǎng)細(xì)菌的生活，使水體出現(xiàn)特征性的顏色，堆積泥表面上的一些植物碎片上生長(zhǎng)有降解纖維素的真菌，能進(jìn)行厭氧呼吸的細(xì)菌也是堆積泥表面的主要微生物，其中的假單胞菌能進(jìn)行反硝化作用。堆積泥中生活的微生物主要是專性厭氧細(xì)菌，包括梭狀芽孢桿菌、產(chǎn)甲烷細(xì)菌和發(fā)生硫化氫的脫硫弧菌。湖泊中真菌種屬常因可利用的有機(jī)物和其他因素的變化而發(fā)生變化。河流和湖泊中的植物殘?bào)w上經(jīng)?？梢哉业阶幽揖桶胫．?dāng)這些植物殘?bào)w被降解后，有關(guān)的真菌便消失。河流、溪流和湖泊中常見(jiàn)的酵母菌有球擬酵母屬(Torulopsi假絲酵母屬、紅酵母屬(Rhodotorula和隱球酵母屬(Cryptococcu發(fā)酵的能力很差。
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