在細(xì)胞分選的方法里，主要包括特異性分選和非特意性分選兩類方法，兩類方法的關(guān)系有點(diǎn)類似定量（只針對特定目標(biāo)基因進(jìn)行檢測）和轉(zhuǎn)錄組測序。

        非特異性選擇的方法則通常都是高通量的方法，一般是用特定的技術(shù)隨機(jī)從樣本中捕獲的大量細(xì)胞單體，然后直接平行對大量細(xì)胞進(jìn)行獨(dú)立的測序，再從大量單細(xì)胞數(shù)據(jù)中尋找自己感興趣的細(xì)胞類型進(jìn)行后續(xù)分析。反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增過程中，每個(gè)細(xì)胞的cDNA會(huì)被接上特異的接頭序列，保證后續(xù)混合測序后還能重新獨(dú)立拆分每個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù)，芯片由于可以平行進(jìn)行96個(gè)細(xì)胞的建庫測序，降低了成本。但是這種方式進(jìn)行單細(xì)胞制備時(shí)，每個(gè)細(xì)胞的裂解和核酸擴(kuò)增反應(yīng)都不能很*、*，因此每個(gè)細(xì)胞最終獲得的基因數(shù)量很有限，一般在1000-2000個(gè)左右。而且無法進(jìn)行細(xì)胞篩選，導(dǎo)致大量無用細(xì)胞的數(shù)據(jù)被記錄，大大增加了背景噪音信號。如果要增加每個(gè)細(xì)胞能獲得的基因數(shù)量，必須選擇另一種通量較低的方式進(jìn)行。

       特異性選擇方法，就是用特定標(biāo)志對特定目標(biāo)細(xì)胞進(jìn)行挑選，然后對目標(biāo)細(xì)胞開展測序。這種方式雖然通量較低，但是由于每個(gè)細(xì)胞都是在單獨(dú)的PCR管中進(jìn)行裂解和核酸擴(kuò)增，每一步的反應(yīng)都可以進(jìn)行得很*，因此每個(gè)細(xì)胞最終能獲得的基因數(shù)等達(dá)到10000個(gè)左右。另外，由于特異性選擇獲得的單個(gè)細(xì)胞都是經(jīng)過篩選的目的細(xì)胞，因此數(shù)據(jù)質(zhì)量遠(yuǎn)高于非特異性選擇的高通量方式。