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單細(xì)胞測序的主要步驟和特點(diǎn)介紹

來源:Bio-Techne   2021年06月22日 20:23  
  單細(xì)胞測序的興起,不僅是新概念炒作,而是在相關(guān)領(lǐng)域,長時(shí)間由于技術(shù)的瓶頸很多生物學(xué)問題沒有解決,現(xiàn)在突然有一個(gè)技術(shù)可以高性價(jià)比地解決這些問題,導(dǎo)致這個(gè)技術(shù)被大量應(yīng)用。
  以單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)為例開展探討,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組主要包括以下四個(gè)步驟,其中關(guān)鍵的一點(diǎn)就是如何進(jìn)行單細(xì)胞的捕獲/分選,這是決定單細(xì)胞檢測成本和通量的關(guān)鍵步驟。
  主要步驟:

  在細(xì)胞分選的方法里,主要包括特異性分選和非特意性分選兩類方法,兩類方法的關(guān)系有點(diǎn)類似定量(只針對特定目標(biāo)基因進(jìn)行檢測)和轉(zhuǎn)錄組測序。

        非特異性選擇的方法則通常都是高通量的方法,一般是用特定的技術(shù)隨機(jī)從樣本中捕獲的大量細(xì)胞單體,然后直接平行對大量細(xì)胞進(jìn)行獨(dú)立的測序,再從大量單細(xì)胞數(shù)據(jù)中尋找自己感興趣的細(xì)胞類型進(jìn)行后續(xù)分析。反轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增過程中,每個(gè)細(xì)胞的cDNA會(huì)被接上特異的接頭序列,保證后續(xù)混合測序后還能重新獨(dú)立拆分每個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù),芯片由于可以平行進(jìn)行96個(gè)細(xì)胞的建庫測序,降低了成本。但是這種方式進(jìn)行單細(xì)胞制備時(shí),每個(gè)細(xì)胞的裂解和核酸擴(kuò)增反應(yīng)都不能很*、*,因此每個(gè)細(xì)胞最終獲得的基因數(shù)量很有限,一般在1000-2000個(gè)左右。而且無法進(jìn)行細(xì)胞篩選,導(dǎo)致大量無用細(xì)胞的數(shù)據(jù)被記錄,大大增加了背景噪音信號。如果要增加每個(gè)細(xì)胞能獲得的基因數(shù)量,必須選擇另一種通量較低的方式進(jìn)行。

       特異性選擇方法,就是用特定標(biāo)志對特定目標(biāo)細(xì)胞進(jìn)行挑選,然后對目標(biāo)細(xì)胞開展測序。這種方式雖然通量較低,但是由于每個(gè)細(xì)胞都是在單獨(dú)的PCR管中進(jìn)行裂解和核酸擴(kuò)增,每一步的反應(yīng)都可以進(jìn)行得很*,因此每個(gè)細(xì)胞最終能獲得的基因數(shù)等達(dá)到10000個(gè)左右。另外,由于特異性選擇獲得的單個(gè)細(xì)胞都是經(jīng)過篩選的目的細(xì)胞,因此數(shù)據(jù)質(zhì)量遠(yuǎn)高于非特異性選擇的高通量方式。

  單細(xì)胞測序要獲得最終高質(zhì)量數(shù)據(jù),我們需要一個(gè)好的單細(xì)胞分離工具。Namocell單細(xì)胞分離儀可以幫助用戶進(jìn)行快速、高效、輕柔地單細(xì)胞分離捕獲。分離后的單個(gè)細(xì)胞是經(jīng)過篩選的用戶感興趣的目的細(xì)胞,并且都具備很好的細(xì)胞活性,非常適合進(jìn)行單細(xì)胞測序。


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