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PCR儀進行測序反應試驗時應按照步驟依次進行：
1.取0.2ml的PCR管，用記號筆編號，將管插在顆粒冰中，加入規(guī)定試劑?？偡磻w積5μl，不加輕礦物油或石蠟油，蓋緊PCR管，用手指彈管混勻，稍離心。將PCR管置于PCR儀上進行擴增。98℃變性2min后進行PCR循環(huán)，PCR循環(huán)參數為96℃10秒，50℃5秒，60℃4分鐘，25個循環(huán)，擴增結束后設置4℃保溫。
醋酸鈉/乙醇法純化PCR產物：
1.將混合物離心，將擴增產物轉移到1.5ml EP管中；
2.加入25μl醋酸鈉/乙醇混合液，充分振蕩，置冰上10min以沉淀DNA。12000r/min于4℃離心30min，小心棄上清；
3.加70%（V/V）的乙醇50μl洗滌沉淀2次。12000r/min于4℃離心5min，小心棄上清和管壁的液珠，真空干燥沉淀10-15min。
電泳前測序PCR產物的處理：
1.加入12μl的TSR于離心管中，劇烈振蕩，讓其充分溶解DNA沉淀，稍離心；
2.將溶液轉移至蓋體分離的0.2ml PCR管中，稍離心；
3.在PCR儀上進行熱變性（95℃2min），冰中驟冷，待上機。
具體上機操作按PCR儀說明書安裝毛細管，進行毛細管位置的校正，人工手動灌膠和建立運行的測序順序文件。儀器將自動灌膠至毛細管，1.2kV預電泳5min，按編程次序自動進樣，再預電泳（1.2kV，20min），在7.5kV下電泳2h。電泳結束后儀器會自動清洗，灌膠，進下一樣品，預電泳和電泳。每一個樣品電泳總時間為2.5h。電泳結束后儀器會自動分析或打印出彩色測序圖譜。
儀器將自動進行序列分析，并可根據用戶要求進行序列比較。如測序序列已知，可通過序列比較以星號標出差異堿基處，提高工作效率。
測序完畢按PCR儀操作規(guī)程進行儀器清洗與保養(yǎng)。
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