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這才是CRISPR基因編輯實驗成功的關鍵點!

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2021年08月13日 16:02  
這才是CRISPR基因編輯實驗成功的關鍵點!


導 讀

2021年8月5日,美國加州大學伯克利分校的Jennifer Doudna團隊在Nature Chemical Bilology發(fā)文稱開發(fā)了一種基于CRISPR的核酸檢測新技術來檢測xin guan,最快20min完成檢測,較于傳統(tǒng)的RT-qPCR檢測方法更快速,這是CRISPR在病毒檢測領域應用的又一大進步。

CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)即成簇規(guī)律間隔的短回文重復序列,它與Cas(CRISPR associated)蛋白組成的系統(tǒng)作為新一代的基因編輯工具,在基因敲入、基因敲除、基因激活、基因沉默、表觀遺傳修飾及3D基因結構改變中得到廣泛的應用[1]。


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▲ 基因剪刀CRISPR(圖片來源網絡)



CRISPR/Cas的應用


? 藥物靶點的確定與驗證

? 基因環(huán)路上下游調控機制分析

? 代謝通路調節(jié)機制分析

? LncRNA作用機制分析

? 核酸檢測


CRISPR/Cas9系統(tǒng)

CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)是包含單鏈RNAsgRNA,利用與sgRNA的5'端互補的序列將Cas9蛋白引導至目標DNA位點。Cas9 Nuclease對目標DNA序列的PAM依賴性識別并在PAM區(qū)上游3bp的特定位點啟動DNA切割。

Cas9 Nuclease生成的雙鏈斷裂可通過NHEJ(Non-homologous end joining)HDR(Homology directed repair)修復,NHEJ修復通常導致indel突變和基因失活,而HDR可以在提供供體模板時實現(xiàn)高保真的精確基因組編輯。由于生物體具有自我修復機制,隨著細胞復制分裂并修復切口,在修復的過程可能產生錯配,移碼突變、缺失突變,最后篩選出錯配純合子。


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圖2:An overview of CRISPR/Cas9 mediated genome editing[2]


CRISPR/Cas9系統(tǒng)成功的關鍵

如何減少和避免脫靶:
采用nick形式的Cas9 Nuclease加雙鏈sgRNA。

sgRNA靶點的選擇:

Cas9 Nuclease切割位置在待修飾位點的30bp以內,Z差保持在50bp以內。

sgRNA品質:

sgRNA活性是影響KI的關鍵因素之一,因此需要提前驗證其活性。

Cas9 Nuclease形式的選擇:

縮短Cas9蛋白在細胞內的存續(xù)時間,可以避免連續(xù)切割和脫靶,建議使用mRNA或蛋白形式的Cas9。若采用質粒,需要確保其純度和濃度(建議大于1μg/μl)。


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翌圣生物科技(上海)股份有限公司(以下簡稱“翌圣生物”)經過匠心研發(fā),開發(fā)出的sgRNA體外合成試劑盒利用其提供的試劑和使用者自己設計的特異性DNA序列,可在單管反應4小時內獲得20-100μg具有功能的高品質的sgRNA,具有合成效率高、品質好、切除效率高等特點。


Hifair® Precision sgRNA Synthesis Kit 測試數(shù)據(jù)

較高濃度的sgRNA關系到CRISPR/Cas9系統(tǒng)的編輯的效果成敗,因此只有加入高濃度的sgRNA方能對基因的編輯起較好效果。翌圣生物開發(fā)出的sgRNA體外合成試劑盒利用其提供的試劑和使用者自己設計的特異性DNA序列,可在單管反應4小時內獲得20-100μg,*基因編輯的需要。

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圖3:不同時間的sgRNA的合成量


對于sgRNA Synthesis Kit不僅要滿足產量上的要求,還需要針對不同種類的sgRNA合成也要達到相當高的產量,方能滿足不同類型基因的編輯需要,擴大試劑盒的應用范圍。翌圣生物sgRNA Synthesis Kit經過多個種類的sgRNA的合成,其產量也是很高,可以滿足實驗所需,因此可以適應多種基因的編輯需要。


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圖4:不同種類的sgRNA的合成量

在影響CRISPR/Cas9系統(tǒng)的編輯的效果成敗的關鍵因素中,合成的sgRNA的品質也是關鍵一環(huán)。因為合成的sgRNA的純度(即品質)不好,對編輯的效率會產生很大影響。翌圣生物sgRNA Synthesis Kit所合成的sgRNA經過安捷倫2100測定,其純度單一,說明品質較高,對后續(xù)的編輯效率會有很大提升。


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圖5:合成的sgRNA的品質(安捷倫2100測定)


最后,所合成的高品質sgRNA是否有活性,需要實地測定才能發(fā)現(xiàn)其是否有活性,是否能夠與Cas9 Nuclease進行組合達到編輯基因的目的。翌圣生物sgRNA Synthesis Kit所合成的sgRNACas9 Nuclease進行組合體外切割靶DNA,經瓊脂糖凝膠電泳檢測發(fā)現(xiàn)所合成的sgRNA可以有效引導Cas9 Nuclease在特定位點切割并產生特定大小的DNA片段,因此具備活性。


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圖6:sgRNA的剪切效率效果圖


翌圣生物為您提供高品質、高性價比的sgRNA合成試劑盒,讓您的CRISPR/Cas9科學研究及相關基因編輯應用如虎添翼,共同為人類的未來健康奉獻一份力量。


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Hifair® Precision sgRNA Synthesis Kit

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Hieff Trans™ siRNA/miRNA 體外轉染試劑

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【1】王晗月,楊曉菲,胡巢鳳,李富榮. CRISPR/Cas9基因編輯技術在糖尿病細胞治療中的應用研究進展[J]. 生命科學,2019,07:723-73.

【2】Lone BA, Karna SKL, Ahmad F, Shahi N, Pokharel YR. CRISPR/Cas9 System: A Bacterial Tailor for Genomic Engineering. Genet Res Int. 2018;2018:3797214. Published 2018 Sep 18. doi:10.1155/2018/3797214.




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