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有時候小伙伴們拿到一個 Gene-A，可能是芯片篩查的結(jié)果，可能是導(dǎo)師拍腦袋的結(jié)果，這個 A 很低調(diào)，被人研究的頗少，作為一個基礎(chǔ)研究的新手，簡直一頭霧水！
凡是都有規(guī)律可循。如果你文獻看的沒有那么多，腦洞未開，下面的保守方法可以適合你進行初步的嘗試。但是要提醒小伙伴們不時的追蹤一下文獻研究進展，更多的時候不是為了知道某個分子或者某個領(lǐng)域研究的最新情況，這些對于基層科研人員的意義并不是很大；而是為了發(fā)散自己的思維，提煉別人的研究設(shè)計思路！
下面這幾步，對于剛剛上手實驗的小伙伴來說，應(yīng)該有所幫助。
1.確定 A 研究的價值，即臨床組織樣本/相關(guān)細胞系中有沒有差異性表達
| 腫瘤組織樣本 | → ↘ | 分析A在臨床組織中的表達是否與腫瘤進展程度或者例如大小、轉(zhuǎn)移灶、預(yù)后等相關(guān) |
| 腫瘤細胞系 | → | 分析A在臨床癌組織、腫瘤細胞系中的表達對比癌旁組織和正常細胞系是否差異表達 |
2. 確定 A 能夠?qū)δ骋患毎硇彤a(chǎn)生一定的影響
| shRNA慢病毒干擾載體 | ↘ → → ↗ | 可 能 用 到 的 載 體 手 段 | 敲除/過表達A | ↗ → → → ↘ | 細胞增殖 |
| 過表達載體 | 細胞凋亡 | ||||
| 突變載體 | 細胞周期 | ||||
| 敲除載體 | 細胞運動 | ||||
| 細胞侵襲 |
3. 確定 A 能夠?qū)π∈蟮哪[瘤形成的作用是否與上一步較為一致。
選擇動物模型進行功能驗證，一般選擇裸鼠進行成瘤實驗 裸鼠種植瘤需注意： ●腫瘤細胞的狀態(tài) ●細胞的數(shù)量：每只注射2×106－107 ●裸鼠的選擇：5-8周齡 ●種植部位：血供豐富區(qū)域，如腋窩中后部、腹股溝中上部。 |
4. 找出 A 的作用機制
Microarray/pathway array/相關(guān)芯片分析A影響下游基因的mRNA/通路/蛋白表達變化 qRT-PRC、Western blot 驗證 驗證A調(diào)控B/C/D的特異性 ▍ 結(jié)合增殖、周期、凋亡、遷移和侵襲等表型 |
另外還可以同步研究一下 A 本身是否受到甲基化或者乙?；缺碛^遺傳調(diào)控。
這樣是否簡單易懂呢？小伙伴們不妨針對自己的某基因研究，做出一個類似的技術(shù)路線圖，做完一步劃掉一步。那些表型也不是都做的，要看文獻或者自己分析一下你研究的基因 A 是否跟一些例如增殖相關(guān)基因或者周期相關(guān)基因等有聯(lián)系，或者涉及到某些明星通路等。
以上為常規(guī)手段，可為基礎(chǔ)薄弱的小伙伴尋求大方向。如果想要高大上的研究設(shè)計，每步還請自行查閱文獻加以創(chuàng)新。
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