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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)新開發(fā)的技術(shù)

來源:Bio-Techne   2021年09月22日 17:21  
  單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的技術(shù)在目前的科研實(shí)驗(yàn)中應(yīng)用越來越多。最初的細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組我們都是把一群細(xì)胞或一個(gè)器官混合到一起去提取RNA,獲得的是每個(gè)細(xì)胞中RNA表達(dá)量的平均值,單細(xì)胞是把每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)分出來去提取RNA,然后建庫測(cè)序,獲得是是單個(gè)細(xì)胞的表達(dá)值。在每個(gè)細(xì)胞里面基因的表達(dá)具有隨機(jī)性,且存在異質(zhì)性。
  細(xì)胞群中會(huì)存在不同類型的細(xì)胞,尤其是當(dāng)我們對(duì)整個(gè)組織或者器官進(jìn)行測(cè)序時(shí),它們本身就是由不同類型的細(xì)胞組成的,而我們用普通轉(zhuǎn)錄組來測(cè)序,相當(dāng)于掩蓋住了這些不同的細(xì)胞類型的差異,展示的是整個(gè)組織的平均的狀態(tài),所以說單細(xì)胞從這個(gè)來看跟普通轉(zhuǎn)錄組就不同在是用一個(gè)細(xì)胞測(cè),不是用一堆細(xì)胞測(cè)。
  單細(xì)胞的RNA量比較少,所以要擴(kuò)增的話循環(huán)數(shù)就會(huì)比較多,會(huì)引入一些PCR擴(kuò)增帶來的偏好性,為了解決這個(gè)問題,就有了現(xiàn)在的技術(shù)—體外轉(zhuǎn)錄,這個(gè)技術(shù)不通過擴(kuò)增,在RNA上加一個(gè)T7的啟動(dòng)子,讓它一輪一輪的轉(zhuǎn)錄出新的RNA,實(shí)現(xiàn)線性擴(kuò)增。
  單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序主要應(yīng)用于特別難獲取的細(xì)胞,比如說胚胎發(fā)育早期,合子,二細(xì)胞,四細(xì)胞,八細(xì)胞期,這時(shí)候因?yàn)槊恳粋€(gè)階段細(xì)胞的數(shù)目都是很有限的,當(dāng)時(shí)就想著能夠開發(fā)一個(gè)技術(shù)對(duì)這種含量特別少的細(xì)胞能夠提取建庫成功,然后獲得它們的表達(dá)量,從而來研究這些常規(guī)轉(zhuǎn)錄組所研究不了的生物過程,所以當(dāng)時(shí)的發(fā)展是盡量提高測(cè)序的深度。
  轉(zhuǎn)錄組可用于多種物種的組織,包括小鼠腦和人乳腺癌組織、人心臟組織和擬南芥花序組織,是一項(xiàng)新開發(fā)的技術(shù),已顯示可用于小鼠大腦的冷凍切片分析。這些直接的mRNA捕獲方法不需要其他的設(shè)備,具有相對(duì)簡(jiǎn)單的分析方法,并且可能大規(guī)模應(yīng)用于許多組織。

        Namocell單細(xì)胞分離儀可以快速、高效、輕柔地幫助用戶將目的單細(xì)胞分離至8聯(lián)排,96孔板或者384孔板中,用于后續(xù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)。對(duì)于用戶的特殊細(xì)胞樣本如少量細(xì)胞、極低陽性含量的稀有細(xì)胞等,Namocell都可以提供更好的解決方案,為用戶提供更好的單細(xì)胞。

       上圖顯示的是相同細(xì)胞樣本通過FACS流式分選和Namocell的Hana單細(xì)胞分離儀分選得到的單細(xì)胞,分別進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序得到的結(jié)果??梢郧宄乜吹剑ㄟ^Hana分離后的單細(xì)胞狀態(tài)更好,能夠有更多有用的信息被檢測(cè)到。

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