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不斷擴大中國農業(yè)微生物菌種保藏管理中心庫藏的農業(yè)微生物菌種資源的數(shù)量，并注重提高菌種的多樣性，加大收集農業(yè)上重要的微生物類群的力度，尤其植物病原微生物、生防微生物、環(huán)境治理和土壤修復微生物等，加強土著微生物的采集分離工作。
加強對菌種資源的基礎研究和評價工作
加強農業(yè)微生物菌種資源的基礎研究和評價工作，提高菌種資源的質量；建立、完善統(tǒng)一的標準和規(guī)范，實現(xiàn)菌種信息的標準化，為菌種資源的保護、管理和利用提供信息。
開展全國農業(yè)微生物菌種資源的普查工作
農業(yè)科研單位、高等院校、農業(yè)企業(yè)等從事農業(yè)微生物相關工作的單位，常常分離、收集或引進一些有價值的微生物菌種。開展農業(yè)微生物菌種資源的普查工作、摸清家底，將為這些菌種資源的保護和共享提供基礎。
完善農業(yè)微生物菌種資源的管理體系
菌種保藏機構屬于公益性機構，國際上的菌種保藏機構菌種的收集也都以捐贈為主，我們在此基礎上，探討建立一種機制或辦法，使分散保藏于各有關單位的農業(yè)微生物菌種資源能夠備份保藏到的農業(yè)微生物菌種保藏中心，以保障菌種資源的安全。同時，健全相應的共享機制，使寶貴的菌種資源在我國的科學事業(yè)和經濟、社會發(fā)展中發(fā)揮更大作用。建立相應的法規(guī)，避免菌種資源流失。
加強菌種資源的開發(fā)利用能力建設
重視微生物菌種資源的應用基礎研究，加強人員和硬件建設，建立功能微生物菌種高效篩選、改造的技術平臺，提高微生物資源開發(fā)利用的科技水平。
探索農業(yè)微生物產品規(guī)模化生產的路子
建議國家從政策導向上解決好所謂“成果轉化”的問題，鼓勵企業(yè)的產品創(chuàng)新和改進工藝，研發(fā)效果好、質量穩(wěn)定、適應農業(yè)發(fā)展需要的新產品。
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