水質(zhì)監(jiān)測方法主要是人工定期取樣及理化儀表的監(jiān)測，前者是通過實驗員針對不同水域定期取樣，在實驗室中進行多種成分的理化分析，來判斷某一水域當前的水質(zhì)狀況。這種方式檢測所需時間長，檢測費用高，此外污染物濃度較低時，化學分析的準確性下降，并且較難實現(xiàn)在線連續(xù)監(jiān)測；后者一般是選取監(jiān)測點，在監(jiān)測點安裝PH值、濁度、余氯、耗氧量等常規(guī)監(jiān)測表，將監(jiān)測數(shù)據(jù)傳送到控制室。但水質(zhì)在線儀表主要為進口設(shè)備，同一類型的儀器有許多廠家的產(chǎn)品，除了廠家不同外，儀器的工作原理、響應(yīng)范圍、靈敏度、穩(wěn)定性、適應(yīng)的環(huán)境等各方面都不同，儀器儀表的選擇對于監(jiān)測預(yù)警系統(tǒng)是否能正常運行，具有至關(guān)重要的意義。儀表操作較為復(fù)雜，投資費用大。因此，理化儀表的監(jiān)測不能很好地反映出水質(zhì)狀況，及時預(yù)警。
由于以上兩種方式的局限性，人們嘗試利用水中的微生物監(jiān)測水質(zhì)污染程度。最早出現(xiàn)在20世紀初，歐美國家對生物監(jiān)測的理論研究已經(jīng)相當成熟，生物監(jiān)測設(shè)備已商品化，并較好的使用在各種飲用水處理廠、水產(chǎn)養(yǎng)殖場、污水處理廠等取水口和（或）排水口，還用于環(huán)境監(jiān)測。
中國的水質(zhì)監(jiān)測長期以來一直采用人工取樣到實驗室分析的辦法，隨著國家對水質(zhì)污染的日益重視，這幾年自動監(jiān)測儀器和監(jiān)測系統(tǒng)才開始研制和發(fā)展。