International Group Sequences Genome of Arabidopsis Relative Adapted to Extreme Conditions

2011年8月8日，NEW YORK （GenomeWeb News） ，Andrea Anderson報道–研究人員昨天在Nature Genetics在線報道他們對一種叫條葉藍芥（Thellugiella parvula）的植物進行了基因組測序。這種植物與模式植物擬南芥親緣關(guān)系很近，但更耐條件。

伊利諾伊大學厄巴納 - 香檳分校Han Bohnert植物生化實驗室博士后Dong-Ha Oh告訴GenomeWeb Daily News，通常情況下，這種植物具有耐鹽、抗熱，抗寒的特性。

他說“擬南芥已經(jīng)被很好的研究，但是它不具有任何抗性。

來自美國，韓國和沙特阿拉伯的Oh和他的同事們用高通量測序完成了條葉藍芥（Thellugiella parvula）基因組草圖，通過比較條葉藍芥與擬南芥的基因組和轉(zhuǎn)錄組序列，他們發(fā)現(xiàn)了有關(guān)條葉藍芥可以在條件下生存的遺傳機制的線索。其中包括：涉及到的應(yīng)激反應(yīng)和其它基因的加倍。

研究人員用454的GS FLX Titanium和Illumina GAII測序平臺對生長在土耳其中心的鹽湖的一株條葉藍芥DNA進行測序，測序深度達到50倍，條葉藍芥的基因組大小約為1.4億個堿基。

條葉藍芥與擬南芥大約在43萬年前發(fā)生分離，盡管他們之間的親緣關(guān)系很近，但這兩種植物耐受鹽和其他脅迫的能力*不同。
研究人員寫到：“條葉藍芥基因組的公布提供了研究染色體結(jié)構(gòu)，組織，基因補充的獨到視角，特別重要的是條葉藍芥的基因組與擬南芥的基因組相對較，無疑這種植物是壓力敏感的物種。

利用兩種平臺互補的方法----用羅氏454 reads作為序列的骨架，用測序深覆蓋度的illumina reads補gaps，并且相互校正reads的準確率---組裝出將近1500個 meta-contigs，每個meta-contig的長度在1000bp-1300萬bp之間。
Oh說“許多大contigs與染色體臂的大小相當，因此，我們能夠利用新一代測序工具組裝染色體”。
當研究人員分析條葉藍芥草圖基因組時，他們預(yù)測大約28901個編碼蛋白序列，擬南芥的基因組比條葉藍芥的小15%左右，其編碼蛋白為27059個。

在新的基因組中預(yù)測的19000多個ORF與條葉藍芥的不同組織的轉(zhuǎn)錄組序列一致?？偟膩碚f，研究人員報道在NCBI的BLASTN數(shù)據(jù)庫搜索的53％的條葉藍芥基因與擬南芥序列非常相似。

Oh說，乍一看，兩個基因組的基因組成是非常相似的，但他和他的同事發(fā)現(xiàn)兩者的細微差別。

值得注意的是，雖然條葉藍芥和擬南芥基因組中含有類似數(shù)目的串聯(lián)重復(fù)基因，但在兩種植物中，重復(fù)的基因只有一半是重疊的。相反，條葉藍芥基因組中似乎包含更多的參與逆境適應(yīng)或其它未知功能的基因的重復(fù)。

此外，與擬南芥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比較表明條葉藍芥基因組中含有過量的發(fā)育相關(guān)、生物和非生物刺激的反應(yīng)相關(guān)和轉(zhuǎn)運蛋白相關(guān)的基因。另一方面，研究人員報道，與擬南芥相比，條葉藍芥似乎有很少的信號傳導(dǎo)基因。

Oh說，研究人員繼續(xù)研究導(dǎo)致葉藍芥抗逆性優(yōu)于擬南芥的基因組，基因和蛋白模式，包括特異性研究基因發(fā)生突變時，增加擬南芥逆境敏感性的基因。初步結(jié)果表明，在條葉藍芥中，這些脅迫基因顯示出不同的拷貝數(shù)，啟動子，表達和蛋白質(zhì)功能模式。

新聞源自www.genomeweb.com, 毅新興業(yè)供稿，更多信息請點擊www.bioyong.com。