引物設計的原則：

1、引物長度：

一般為15-30bp，常用的是18-27bp，但不能大于38，因為過長會導致其延伸溫度大于74℃，即Taq酶的最適溫度。

2、引物的特異性：

引物與非特異擴增序列的同源性不要超過70%或有連續(xù)8個互補堿基同源。

3、序列Tm值：

引物的Tm值一般控制在55-60度, 盡可能保證上下游引物的Tm值一致,一般不超過2度。退火溫度=4×(G+C)+2×(A+T)-(5～8)

4、G+C含量：

有效引物中(G+C)的比例為40-60%，過高或過低都不利于引發(fā)反應。上下游引物的GC含量不能相差太大。

5、引物的3′端：

引物的延伸是從3′端開始的，不能進行任何修飾；引物3’端的堿基一般不用A，因為A在錯誤引發(fā)位點的引發(fā)效率相對比較高； 引物間3’端的互補、二聚體或發(fā)夾結構也可能導致PCR反應失敗

6、引物的5′端：

引物的5′端限定著PCR產物的長度，它對擴增特異性影響不大。因此，可以被修飾而不影響擴增的特異性。引物5′端修飾包括：加酶切位點；標記生物素、熒光、Eu3+等；引入蛋白質結合DNA序列；引入突變位點、插入與缺失突變序列和引入一啟動子序列等。