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雜交捕獲的原理是人工設計探針（DNA探針或者RNA探針），探針可以和目標區(qū)段部分或者全部互補。將樣本和探針混合，探針會將目標區(qū)段捕獲，未設計探針的區(qū)段會被洗脫丟棄，之后通過變性（一般是調(diào)節(jié)PH值到堿性）將探針和捕獲區(qū)段分開，被捕獲的片段即可進行二代測序文庫構建。
雜交捕獲流程介紹：
1、文庫制備
將提取后的基因組DNA利用超聲或酶切的方法將基因組DNA進行片段化，并進行末端修復和接頭連接，接著進行PCR及純化。
2、雜交反應
將帶有生物素標記的RNA/DNA探針，對DNA文庫的目標區(qū)域片段進行結合（探針應過量）。
3、鏈霉親和素磁珠結合
使用鏈霉親和素磁珠結合帶有生物素標記的RNA/DNA探針與DNA文庫相結合的雙鏈復合物。
4、清洗
利用不同鹽濃度的緩沖液進行多次清洗，主要目的為去除未被探針捕獲的非特異性雜交，保留目標區(qū)域的DNA從而達到捕獲效率的提升。
5、捕獲后擴增
對捕獲及清洗后的DNA產(chǎn)物進行PCR擴增，構建完成靶向富集的測序文庫。
雜交捕獲的優(yōu)缺點都是什么呢？
優(yōu)點：捕獲區(qū)段大，可以達到幾百MB，遠超PCR方案和MIP方案，同時根據(jù)探針的原理其均一性很好，均一性是評價捕獲技術很關鍵的參數(shù)，均一性好后續(xù)測序成本就會下降。
缺點：容易捕獲非目標片段，造成成本增加。因為雜交前樣本會被隨機打斷一般認為500bp是比較合適的長度，探針捕獲時可能和目標片段部分雜交，導致一些含有部分目標區(qū)段的片段被捕獲。所以雜交捕獲的特異性較差，容易捕獲非目標區(qū)段。
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