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高效液相色譜柱是消耗品，會隨使用時間或進樣的次數(shù)增加，出現(xiàn)色譜峰高降低，峰寬加大或出現(xiàn)肩峰，柱效下降。需要定期進行清洗和再生，不同的色譜柱清洗方法各不相同比如：
1 反相柱 分別用甲醇:水=90:10，純甲醇(HPLC級)，異丙醇(HPLC級)，二氯甲烷(HPLC級)等溶劑作為流動相，依次沖洗，每種流動相流經(jīng)色譜柱不少于20倍的色譜柱體積.然后再以相反的次序沖洗。
2 正相柱 分別用正己烷(HPLC級)，異丙醇(HPLC級)，二氯甲烷(HPLC級)，甲醇(HPLC級)等溶劑做流動相，順次沖洗，每種流動相流經(jīng)色譜柱不少于20倍的柱體積(異丙醇粘度大，可降低流速，避免壓力過高).注意使用溶劑的次序不要顛倒，用甲醇沖洗完后，再以相反的次序沖洗至正己烷，所有的流動相必須嚴格脫水。
3 離子交換柱 長時間在緩沖溶液中使用和進樣，將導(dǎo)致色譜柱離子交換能力下降，用稀酸緩沖溶液沖洗可以使陽離子柱再生，反之，用稀堿緩沖溶液沖洗可以使陰離子柱再生。
另外，還可以選擇能溶解柱內(nèi)污染物的溶劑為流動相做正方向和反方向沖洗。但再生后的色譜柱柱效是不可能恢復(fù)到新柱的水平的.如果柱子裝反了，可以調(diào)回來，但可能會造成柱內(nèi)擔體塌陷.在不得已的情況下盡量不要反裝色譜柱。
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