1．為什么通過(guò)elisa、WB能檢測(cè)到的蛋白在itraq實(shí)驗(yàn)中沒(méi)有檢測(cè)到？

     人血漿中的蛋白是有上萬(wàn)種的，而一般質(zhì)譜只能檢測(cè)到五六百種，也就是說(shuō)只占了其中的百分之幾，這是普遍現(xiàn)象，說(shuō)明咱們的方法是不存在問(wèn)題的；其次，ELISA/WB與質(zhì)譜相對(duì)來(lái)說(shuō)靈敏度不一樣，前者具有放大效應(yīng)，因?yàn)槠溟g會(huì)用到相應(yīng)的抗體，所以只要選對(duì)抗體，感興趣的蛋白基本都會(huì)被檢測(cè)到；因此， ELISA/WB檢測(cè)到的蛋白在組學(xué)中沒(méi)有被檢測(cè)到也是正常的。

2．itraq的結(jié)果，用elisa驗(yàn)證了兩個(gè)差異蛋白，發(fā)現(xiàn)都是陰性結(jié)果，是什么情況，出現(xiàn)陰性的概率有多大？一般我們會(huì)提到這個(gè)概率嗎？

     iTRAQ結(jié)果中，選擇的蛋白是否得分夠高，變化倍數(shù)大不大，選擇的抗體特異性是否好，都可能會(huì)影響WB和iTRAQ的結(jié)果，如果以上三方面沒(méi)有什么問(wèn)題的話(huà)，基本上80%還是方向一致的。

3．iTRAQ、TMT、Labe lfree實(shí)驗(yàn)用的是什么質(zhì)譜儀，其定量是基于一級(jí)質(zhì)譜還是二級(jí)質(zhì)譜？

      基于LC-MSMS的實(shí)驗(yàn)技術(shù)主要使用的是ABI5600-Triple-TOF，同時(shí)公司也具有Thermo Q-Exactive質(zhì)譜儀平臺(tái)，部分實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目使用的是QE-Exactive完成。其中標(biāo)記定量技術(shù)iTRAQ和TMT是依據(jù)二級(jí)質(zhì)譜的報(bào)告基團(tuán)離子峰進(jìn)行定量，而Labe lfree是基于一級(jí)質(zhì)譜峰進(jìn)行定量。

4．蛋白組學(xué)實(shí)驗(yàn)文章一般發(fā)表在哪些期刊上，各有什么區(qū)別？

MCP（molecular & cellular proteomics（影響因子7分左右）

JPR(journal of proteome research（影響因子5分左右）

Proteomics（影響因子4分左右）

Journal of Prteomics(影響因子4分左右),

Electrophoresis(影響因子4分左右),

Plos One(影響因子3分左右),

其它的雜志還包括BMC Genomics, Expert Rev Proteomics, BMC Syst Biol, OMICS, Proteomics Clin Appl, Proteome Sci

5．有兩個(gè)Mix混樣，在計(jì)算差異表達(dá)蛋白時(shí)如何使用？

     計(jì)算差異表達(dá)蛋白時(shí)，將WT組（113、114、115）與Mix1（119）和Mix2（121）的比值取平均值，APO1組（116、117、118）與Mix1（119）和Mix2（121）的比值取平均值，平均值再進(jìn)行差異篩選。

6．生物學(xué)重復(fù)和技術(shù)重復(fù)的區(qū)別？

      生物學(xué)重復(fù)是指不同生物個(gè)體或者不同生物群體的樣品之間進(jìn)行地相同處理而進(jìn)行的實(shí)驗(yàn)，而技術(shù)重復(fù)是指同一樣品進(jìn)行的多次相同實(shí)驗(yàn)。舉例：對(duì)來(lái)自三只健康小鼠A、B、C的血清樣品分別各進(jìn)行一次雙向電泳，這三次雙向電泳就是生物學(xué)重復(fù)；而取其中一只小鼠的血清樣品進(jìn)行三次雙向電泳，或者將三只小鼠的血清混合后的樣品進(jìn)行三次雙向電泳，這三次實(shí)驗(yàn)就是技術(shù)重復(fù)?？偨Y(jié)生物學(xué)重復(fù)的樣品來(lái)自不同的個(gè)體或者是群體，重復(fù)之間樣品不同；而技術(shù)重復(fù)的幾次實(shí)驗(yàn)的樣品wan全相同，可以來(lái)自單一個(gè)體，也可以是多個(gè)個(gè)體的混合樣品，但用于重復(fù)實(shí)驗(yàn)的樣品wan全一樣。

7．結(jié)果報(bào)告中怎么沒(méi)有差異多肽的定量？

      多肽組質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行搜庫(kù)匹配后的結(jié)果會(huì)進(jìn)行歸一化整理并尋找差異多肽，所以說(shuō)差異多肽的定量結(jié)果是有的，且以Excel發(fā)給客戶(hù)，報(bào)告中一般會(huì)提及差異多肽的個(gè)數(shù)，具體的定量信息如果客戶(hù)有需求也是可以添加的。