8．哪些技術(shù)需要進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)，以及具體采用生物學(xué)重復(fù)還是技術(shù)重復(fù)來完成？

      Label free需要進(jìn)行三次重復(fù)，而iTRAQ、TMT一般建議做3次實(shí)驗(yàn)重復(fù)，如果實(shí)驗(yàn)方案后期設(shè)計(jì)了大量的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)如WB或ELISA等，最好做也能做兩次重復(fù)；如果不進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)后期的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)也少，在后期發(fā)表文章的時候結(jié)果可能會受到一些審稿人的質(zhì)疑，從而影響文章的發(fā)表，特別是一些高分雜志較為突出，對于立志于發(fā)表高水平文章的研究人員建議最好進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。如果是進(jìn)行技術(shù)重復(fù)，各實(shí)驗(yàn)結(jié)果之間的數(shù)據(jù)重復(fù)性會更好，而生物學(xué)重復(fù)由于多種原因可能導(dǎo)致重復(fù)性與偏差或者不好，一般情況下Label free最好使用技術(shù)重復(fù)，這樣有利于后續(xù)數(shù)據(jù)的分析，而其他是實(shí)驗(yàn)可以采用生物學(xué)重復(fù)或者技術(shù)重復(fù)。代謝組根據(jù)樣品的不同選擇合適的數(shù)量進(jìn)行生物學(xué)重復(fù)。

9．如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關(guān)的蛋白，挑選什么樣的蛋白來進(jìn)行后期的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)？

     需要研究人員根據(jù)自己研究的相關(guān)生物學(xué)背景，再結(jié)合生物信息學(xué)分析的結(jié)果，以及查看相關(guān)的文獻(xiàn)資料來確認(rèn)哪些蛋白可以用于后續(xù)深入的研究。

10．樣品寄送過程，哪些需要低溫？哪些需要干冰？哪些常溫就可以？

      細(xì)胞、組織、蛋白溶液、菌體等樣品最好采用干冰運(yùn)輸，對于SDS-PAGE條帶和2D點(diǎn)以及酶解好的肽段樣品直接常溫運(yùn)輸即可?？梢岳斫鉃樾枰崛〉鞍谆蛱崛『玫牡鞍讟悠罚ㄒ捉到猓┒夹枰蜏剡\(yùn)輸，而處于凝膠中的蛋白或者是酶解好的肽段可常溫運(yùn)輸。

11．哪些樣品需要去除高豐度蛋白？怎么去除？

（1）一般情況下，血清、血漿樣品中都會存在高豐度蛋白（白蛋白等免疫蛋白），如果客戶是此類樣品，需提前跟客戶溝通好，一定需要去除高豐度蛋白；目前有成熟的試劑盒可以去除血清中的高豐度蛋白。

（2）體液樣品，細(xì)胞培養(yǎng)液等樣品，出現(xiàn)高豐度蛋白的情況也比較高，這類樣品，如果出現(xiàn)高豐度蛋白，需要先通過質(zhì)譜鑒定是否是常見免疫蛋白，然后再采用高豐度蛋白去除試劑盒進(jìn)行去除。

（3）其他樣品存在高豐度的情況不常見，如在實(shí)驗(yàn)過程中發(fā)現(xiàn)高豐度蛋白，解決方案如上。其他樣品可能會出現(xiàn)鑒定出來的高豐度蛋白沒有合適的試劑盒可以去除，這時候需要跟客戶提前告知風(fēng)險(xiǎn)。

12．蛋白質(zhì)組結(jié)果一般需要做哪些方面的生物信息學(xué)分析？

       目前一般文獻(xiàn)中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質(zhì)功能分析（GO分類為主）、蛋白質(zhì)所屬代謝通路富集分析（基于KEGG的pathway）、差異蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測等方面。

       其它一些比較特異的高級分析包括多組數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預(yù)測分析、互作網(wǎng)絡(luò)及生物調(diào)控模型構(gòu)建分析。