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生物顯微鏡現在被廣泛地應用到很多的地方，因為它的成像效果清晰，利用了先進的光學原理和成像原理，受到越來越多的人的喜愛，更成為醫(yī)學專業(yè)人士的推崇。在使用時，應根據鏡檢的目的和實際情況來協調參數間的關系，但應以保證分辨率為準。
生物顯微鏡的使用規(guī)程：
(一)實驗時要把生物顯微鏡放在座前桌面上稍偏左的位置，鏡座應距桌沿6～7 cm左右。
(二)打開光源開關，調節(jié)光強到合適大小。
(三)轉動物鏡轉換器，使低倍鏡頭正對載物臺上的通光孔。先把鏡頭調節(jié)至距載物臺1～2cm左右處，然后用左眼注視目鏡內，接著調節(jié)聚光器的高度，把孔徑光闌調至較大，使光線通過聚光器入射到鏡筒內，這時視野內呈明亮的狀態(tài)。
(四)將所要觀察的玻片放在載物臺上，使玻片中被觀察的部分位于通光孔的正中央，然后用標本夾夾好載玻片。
(五)先用低倍鏡觀察(物鏡10X、目鏡10x)。觀察之前，先轉動粗動調焦手輪，使載物臺上升，物鏡逐漸接近玻片。需要注意，不能使物鏡觸及玻片，以防鏡頭將玻片壓碎。然后，左眼注視目鏡內，同時右眼不要閉合(要養(yǎng)成睜開雙眼用顯微鏡進行觀察的習慣，以便在觀察的同時能用右眼看著繪圖)，并轉動粗動調焦手輪，使載物臺慢慢下降，不久即可看到玻片中材料的放大物像。
(六)如果在視野內看到的物像不符合實驗要求(物像偏離視野)，可慢慢調節(jié)載物臺移動手柄。調節(jié)時應注意玻片移動的方向與視野中看到的物像移動的方向正好相反。如果物像不甚清晰，可以調節(jié)微動調焦手輪，直至物像清晰為止。
(七)如果進一步使用高倍物鏡觀察，應在轉換高倍物鏡之前，把物像中需要放大觀察的部分移至視野中央(將低倍物鏡轉換成高倍物鏡觀察時，視野中的物像范圍縮小了很多)。一般具有正常功能的顯微鏡，低倍物鏡和高倍物鏡基本齊焦，在用低倍物鏡觀察清晰時，換高倍物鏡應可以見到物像，但物像不一定很清晰，可以轉動微動調焦手輪進行調節(jié)。
(八)在轉換高倍物鏡并且看清物像之后，可以根據需要調節(jié)孔徑光闌的大小或聚光器的高低，使光線符合要求(一般將低倍物鏡換成高倍物鏡觀察時，視野要稍變暗一些，所以需要調節(jié)光線強弱)。
(九)觀察完畢，應先將物鏡鏡頭從通光孔處移開，然后將孔徑光闌調至較大，再將載物臺緩緩落下，并檢查零件有無損傷(特別要注意檢查物鏡是否沾水沾油，如沾了水或油要用鏡頭紙擦凈)，檢查處理完畢后即可裝箱。
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