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超強(qiáng)CP加持,Cell主刊解析新冠新受體

來源:德國賽多利斯集團(tuán)   2023年07月12日 18:31  

ACE2是介導(dǎo)新冠病毒侵入的受體。然而,新冠病毒也被發(fā)現(xiàn)可以侵染ACE2陰性細(xì)胞,這意味著“狡猾”的新冠病毒還可能存在其他受體。

 

早前,有文章使用CRISPR基因篩選方法發(fā)現(xiàn)TMEM106B(與大腦衰老有關(guān)的膜蛋白)是潛在的新冠病毒受體。而比利時魯汶大學(xué)和英國弗朗西斯·克里克研究所使用X射線晶體技術(shù)、低溫電子顯微鏡(cryo-EM)、氫氘交換質(zhì)譜(HDX-MS)以及賽多利斯的Octet® 非標(biāo)記分子互作系統(tǒng)Incucyte® 實時活細(xì)胞分析系統(tǒng)等方法,從TMEM106B/S蛋白復(fù)合物結(jié)構(gòu)解析角度進(jìn)一步闡釋了TMEM106B與新冠病毒結(jié)合的分子機(jī)理[1],并發(fā)表于近期的《CELL》雜志上。

 

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圖1. TMEM106B/S蛋白復(fù)合物結(jié)構(gòu)解析發(fā)現(xiàn)TMEM106B結(jié)合S蛋白的RBD結(jié)構(gòu)域,其中S蛋白上的484位Asp以及TMEM106B的LD(管腔結(jié)構(gòu)閾)的Met210/Phe213是結(jié)合界面上的重要氨基酸殘基

那么兩者的親和力如何呢?上Octet® 非標(biāo)記分子互作系統(tǒng)!

 

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圖2. Octet® 數(shù)據(jù):將TMEM106B固化在NTA傳感器上,與13.5 μM的S1蛋白結(jié)合解離

 

結(jié)果顯示,TMEM106B與S蛋白有著明顯的結(jié)合,但是TMEM106B突變M210和F210位點后,就沒有結(jié)合了,數(shù)據(jù)證實了復(fù)合物結(jié)構(gòu)解析的結(jié)論。

最近出現(xiàn)的比利時毒株的S蛋白484位為天冬氨酸(D484),而最初毒株為谷氨酸(E484)。用Octet® 檢測發(fā)現(xiàn),D484的S蛋白親和力比E484強(qiáng),也解釋了D484的侵染性更強(qiáng)的原因。

 

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圖3. Octet® 數(shù)據(jù):將TMEM106B固化在NTA傳感器上,與不同濃度的S1蛋白結(jié)合解離

 

TMEM106B結(jié)合S蛋白的RBD結(jié)構(gòu)域也是ACE2的結(jié)合區(qū)域,那么ACE2會不會與TMEM106B競爭結(jié)合S蛋白呢?

 

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圖4. Octet® 數(shù)據(jù):將TMEM106B固化在NTA傳感器上,與加入ACE2和不加ACE2的S蛋白結(jié)合,加入ACE2后沒有結(jié)合,說明ACE2與TMEM106B競爭結(jié)合S蛋白

 

Octet® 的一系列實驗結(jié)果在分子水平上驗證了復(fù)合物結(jié)構(gòu)解析的結(jié)果。但是,如何在細(xì)胞學(xué)水平上證實TMEM106B與S蛋白的結(jié)合呢?是時候發(fā)揮Incucyte® 實時活細(xì)胞分析系統(tǒng)的威力了!

文章進(jìn)行了細(xì)胞-細(xì)胞融合試驗:通過ACE2或TMEM106B、S蛋白(帶綠色熒光)轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞,使其在表面表達(dá)這些蛋白;如果TMEM106B與S蛋白發(fā)生結(jié)合,細(xì)胞可以融合形成更大的細(xì)胞團(tuán)。


 

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圖5. Incucyte® 實時成像結(jié)果:(左)細(xì)胞融合成像;(右)每隔3個小時拍攝一次,計算>1000 μm2的對象熒光面積總和,并做實時圖譜;結(jié)果表明,轉(zhuǎn)染ACE2或TMEM106B細(xì)胞可以融合,但是TMEM106B突變M210和F210后無法實現(xiàn)融合

 

 

總結(jié)

距離新冠病毒被發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有三年多的時間了,雖然許多人早已經(jīng)歷過兩次“陽”性,但我們依然不能高枕無憂,新冠病毒仍有可能卷土重來。因此,對它的侵染機(jī)理進(jìn)行研究仍然是至關(guān)重要的,只有進(jìn)行更多的基礎(chǔ)研究,才能為藥物研發(fā)指明方向。該文作者以TMEM106B為靶點篩選到一些抗體,并發(fā)現(xiàn)這些抗體能阻止新冠病毒對細(xì)胞的侵染。雖然也有其他文章發(fā)現(xiàn)了除ACE2外的其它新冠病毒受體,但該文不僅結(jié)合多種手段對復(fù)合物結(jié)構(gòu)進(jìn)行解析,而且用Octet®、Incucyte® 等手段進(jìn)行了驗證,因此,可信度很高,這也是本文能夠被CELL收錄的原因之一。

 

為什么越來越多的文章
都使用了Incucyte® 呢?

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  • 培養(yǎng)箱內(nèi)可長達(dá)數(shù)周的連續(xù)觀察,最短幾分鐘間隔拍攝,減少人力,防止過多操作對細(xì)胞的傷害;這篇文章每隔3個小時拍攝,連續(xù)拍攝3天

  • 6個板位,分別獨立設(shè)置檢測程序,可以兼容各種孔板和培養(yǎng)皿,通量高

  • 高效簡便的模塊化軟件設(shè)置和數(shù)據(jù)分析,輸出圖片、視頻、生長曲線等多指標(biāo)多參數(shù);本文提到了使用Incucyte® 通過設(shè)置熒光目標(biāo)面積大小對一些未融合的細(xì)胞進(jìn)行過濾,使得結(jié)果更加準(zhǔn)確

  • 大于100種優(yōu)化過的活細(xì)胞專用熒光試劑、耗材及詳盡的Protocol,文章數(shù)大于14000篇,是長時間活細(xì)胞成像產(chǎn)品中的佼佼者

 

 

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為什么越來越多的文章
都使用了Octet® 呢?

 

  • 非標(biāo)記Direct Binding是趨勢,它的結(jié)果更準(zhǔn)確

  • 快速測定親和力,更加定量化對互作進(jìn)行表征

  • 無洗滌步驟,可測弱親和力(解離快);本文的結(jié)合就是典型的快解離

  • 測試時間短,一般10-20分鐘,更快拿到結(jié)果

  • 實驗形式多樣化:定性,兩者結(jié)合,協(xié)同/競爭實驗,垂釣

  • 寫入美國藥典,文章>13,000篇,認(rèn)可度廣

  • 萬金油技術(shù),可以用與檢測DNA、小分子、蛋白等各種生物分子

  • 使用方便,成本相對低

 

下載文檔

 

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下載《生物層干涉技術(shù)應(yīng)用文集—病毒學(xué)基礎(chǔ)研究與藥物研發(fā)》,了解如何對病毒的致病機(jī)理在結(jié)構(gòu)與分子水平上進(jìn)行深入的研究,分析病毒蛋白與宿主受體蛋白,病毒核酸與聚合酶等相關(guān)作用機(jī)制,從而找到關(guān)鍵的“解密之匙”。

 

參考文獻(xiàn)

[1] TMEM106B is a receptor mediating ACE2- independent SARS-CoV-2 cell entry.Cell,2023

 

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