樣品應至少稀釋 2 倍，以避免出現稱為“樣品基質效應”(SME) 的現象，這是非線性稀釋響應和不準確數據的常見原因。當樣品中的蛋白質或其他成分影響抗體與其靶分子結合的能力時，就會發(fā)生這種情況。例如，蛋白質可能與目標分子結合，從而阻斷抗體的結合位點（圖 4A）。中小企業(yè)是已知和未知原因的結果。然而，通過適當的樣品稀釋，基質效應可以忽略不計（圖 4B）。最佳稀釋度會根據樣品類型、實驗和目標分子而有所不同；因此，在運行整個實驗之前，用一些樣品優(yōu)化實驗條件非常重要。一種可能不需要稀釋的樣品類型是尿液，因為它的蛋白質含量非常低。

對于血清和血漿以外的樣品，樣品稀釋前的原始總蛋白濃度應至少為 1 mg/ml。然而，建議總蛋白濃度高于 2 mg/ml 以改善信號。這些濃度不包括可與條件培養(yǎng)基樣品一起使用的任何血清（例如胎牛血清）。重要的是，使用濃度低于 1 mg/ml 的條件培養(yǎng)基樣品仍可實現陣列上的高信噪比，因為上清液的蛋白質含量低于細胞和組織。個體之間血清和血漿中的蛋白質濃度范圍很窄，平均總蛋白質濃度約為 70 mg/ml。

不同的細胞和組織含有不同量的蛋白質。因此，加載到陣列上的細胞、組織和樣品的量必須憑經驗確定。盡管如此，良好的起點是：每 100 萬個細胞或 10 mg 組織使用 500 µL 裂解緩沖液，在 100 mm 組織培養(yǎng)板中接種約 100 萬個細胞，并培養(yǎng) 5 天作為培養(yǎng)基樣品。

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