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瓊脂糖凝膠中DNA的回收(DEAE-纖維素膜電泳)

來源:上海遠慕生物科技有限公司   2023年08月14日 10:34  
 

  實驗方法原理

  從瓊脂糖凝膠回收 DNA 是通過電泳至帶正電荷的 DEAE-纖維素膜上完成的。這種方法首先利用適當(dāng)濃度的瓊脂糖凝膠電泳分離 DNA 片段,然后緊靠目的 DNA 片段條帶前方切一裂縫。將一長條 DEAE 纖維素膜插入裂縫。

  實驗材料

  限制性內(nèi)切核酸酶DNA 樣品DNA 標(biāo)準(zhǔn)RNA

  試劑、試劑盒 乙酸銨DEAE 高鹽洗脫緩沖液DEAE 低鹽洗脫緩沖液EDTA 乙醇凝膠載樣緩沖液NaOH酚氯/仿醋酸鈉TE

  儀器、耗材 瓊脂糖凝膠DEAE 纖維素膜手提式長波紫外燈水浴

  實驗步驟

  一、材料

  1. 緩沖液和溶液

  乙酸銨(10 mol/L)

  DEAE 高鹽洗脫緩沖液(50 mmol/L Tris-Cl (pH 8.0),1 mol/L NaCI,10 mmol/L EDTA (pH 8.0))

  DEAE 低鹽洗脫緩沖液(50 mmol/L Tris-Cl (pH 8.0),0.15 mol/L NaCl,10 mmol/L EDTA (pH 8.0))

  EDTA ( 10 mmol/L,pH 8.0)

  乙醇

  6X 凝膠載樣緩沖液

  0.5 mol/L NaOH

  酚: 氯/仿(1:1,V/V)

  醋酸鈉(3 mol/L,pH 5.2)

  TE ( pH 8.0)

  2. 酶和緩沖液

  限制性內(nèi)切核酸酶

  3. 凝膠

  瓊脂糖凝膠,含有 0.5 μg/ml 的 EB

  4. 核酸和寡聚核苷酸

  DNA 樣品

  DNA 標(biāo)準(zhǔn)

  RNA,酵母轉(zhuǎn)運 tRNA

  5. 專用設(shè)備

  DEAE 纖維素膜

  手提式長波紫外燈

  65℃ 水浴

  二、方法

  1. 消化一定量 DNA 以收獲至少 100 ng 目的片段 DNA。用含有 0.5 μg/ml EB 的適當(dāng)濃度的瓊脂糖凝膠電泳分離 DNA 片段。用手提式長波紫外燈對目的條帶進行定位。

  2. 用鋒利的刀片或剃刀在緊靠目的條帶前的凝膠上切一切口,其兩邊比條帶寬約 2 mm。

  3. 戴上手套,切一塊與切口等寬而比凝膠稍深(1 mm )  的 DEAE 纖維素膜。在 10 mmol/L EDTA ( pH 8.0) 室溫浸泡 5 min 后,用 0.5 mol/L NaOH 取代 EDTA 浸泡以活化 DEAE 纖維素膜。再次室溫 5 min 后,用無菌水沖洗 6 次。

  4. 用平頭鑷子將切口壁撐開,將膜插入裂縫中。取出鑷子,使切口閉合,小心勿留氣泡。

  5. 繼續(xù)電泳(<5 V/cm) 直至 DNA 條帶遷移到膜上。電泳過程中,可以用手提式長波紫外燈(302 nm ) 進行跟蹤檢測。

  6. 當(dāng)所有目的 DNA 離開凝膠被收集到膜上時,切斷電流。用平頭鑷子從凝膠中取出膜,室溫下,用 5~10 ml DEAE 低鹽緩沖液將膜漂洗一下,以除去膜上的瓊脂糖。

  7. 將膜轉(zhuǎn)移到另一個微量離心管中,加足量的 DEAE 高鹽洗脫緩沖液使膜完wan全被浸沒。輕輕的將膜弄皺或?qū)φ?,但不要壓緊。蓋上離心管蓋,于 65℃ 溫育 30 min。

  8. 從膜上洗脫 DNA 的過程中,對凝膠成像,記錄被分離出的條帶。

  9. 步驟 7 的液體轉(zhuǎn)移到另一微量離心管,再加入足量的 DEAE 高鹽洗脫緩沖液,于 65℃ 溫育 15 min。合并兩份 DEAE 高鹽溶液。

  10. 高鹽洗脫液用酚:氯/仿抽提一次。水相轉(zhuǎn)移到另一離心管。加入 0.2 倍體積的 10 mol/L 乙酸銨,2 倍體積的 4℃ 乙醇。室溫放置 10 min。用微量離心機室溫以最大轉(zhuǎn)速離心 10 min。用 70% 乙醇小心洗沉淀。打開離心管幾分鐘,使乙醇完wan全揮發(fā)。再將 DNA 重溶到 3~5 μl TE (pH 8.0)。

  11. 如果需要極純的 DNA ( 如用于小鼠受精卵的顯微注射或培養(yǎng)細胞電穿孔),可以按照下述方法用乙醇再沉淀 DNA。

  (1) 用 200 μl TE(pH 8.0)懸浮 DNA,
加入 25 μl 3 mol/L 乙酸鈉(pH 5.2),用 2 倍體積的乙醇重新沉淀 DNA。

  (2) 4℃ 微量離心機最大速度離心 5~15 min, 回收 DNA。

  (3) 70% 乙醇小心漂洗沉淀。打開離心管幾分鐘,使乙醇完wan全揮發(fā)。將 DNA 溶于 3~5 μl TE ( pH 8.0)。

  12. 通過凝膠電泳對 DNA 進行定性和定量。將少量(10~50 ng) 最終制備的 DNA 片段與 10 μl TE ( pH 8.0) 混合,加入 2 μl 所需的凝膠載樣緩沖液。加樣并在適當(dāng)濃度的瓊脂糖凝膠上進行電泳,以已知量的經(jīng)用適當(dāng)限制酶消化的原 DNA 作為參照物標(biāo)準(zhǔn)和分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。分離的片段應(yīng)該與限制酶消化產(chǎn)物中的相應(yīng)片段同步遷移。仔細檢査凝膠,看是否有弱熒光帶存在。弱熒光帶存在表明有DNA污染。


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