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RACE技術的原理

來源:上海恒遠生物科技有限公司   2011年11月11日 11:29  

  RACE技術日益完善,目前己有商業(yè)化RACE技術產(chǎn)品推出,如CLONTECH的MarathoTM技術和SMARTTM RACE技術。邢桂春等(2001)先后使用上述兩種試劑盒進行RACE反應,結(jié)果發(fā)現(xiàn)使用MarathonTM所得到的片斷總是比采用SMARTTM RACE試劑盒到所得到的片斷短。其原因在于MarathonTM技術反轉(zhuǎn)錄反應往往不能真正達到mRNA的5' 末端。所以認為,進行RACE反應應當優(yōu)選SMARTTM RACE試劑盒。以下就國內(nèi)目前應用zui廣的SMARTTM RACE試劑盒為例,簡要概述RACE技術的原理和操作過程。

SMARTTM 3'-RACE的原理

  利用mRNA的3'末端的poly(A)尾巴作為一個引物結(jié)合位點,以連有SMART寡核營酸序列通用接頭引物的Oligo(dT)30MN作為鎖定引物反轉(zhuǎn)錄合成標準*鏈cDNA.然后用一個基因特異引物GSP1(gene specific primer,GSP)作為上游引物,用一個含有部分接頭序列的通用引物UPM(universal primer,UPM)作為下游引物,以cDNA*鏈為模板,進行PCR循環(huán),把目的基因3' 末端的DNA片段擴增出來。

SMARTTM 5'-RACE的原理

  先利用mRNA的3'末端的poly(A)尾巴作為一個引物結(jié)合位點,以Oligo(dT)30MN作為鎖定引物在反轉(zhuǎn)錄酶MMLV作用下,反轉(zhuǎn)錄合成標準*鏈cDNA.利用該反轉(zhuǎn)錄酶具有的末端轉(zhuǎn)移酶活性,在反轉(zhuǎn)錄達到*鏈的5'末端時自動加上3-5個(dC)殘基,退火后(dC)殘基與含有SMART寡核苷酸序列Oliogo(dG)通用接頭引物配對后,轉(zhuǎn)換為以SMART序列為模板繼續(xù)延伸而連上通用接頭(見Figure 2 )。然后用一個含有部分接頭序列的通用引物UPM(universal primer,UPM)作為上游引物,用一個基因特異引物2(GSP 2 genespecific primer,GSP)作為下游引物,以SMART*鏈cDNA為模板,進行PCR循環(huán),把目的基因5'末端的cDNA片段擴增出來。zui終,從2個有相互重疊序列的3'/ 5'-RACE產(chǎn)物中獲得全長cDNA,或者通過分析RACE產(chǎn)物的3'和5'端序列,合成相應引物擴增出全長cDNA。

實驗中發(fā)現(xiàn),做RACE反應實驗實際操作中仍存在不少困難。因此,對RACE反應條件進行反復摸索是十分必要的。這是因為:

*,在5'-RACE包含了有3個連續(xù)的酶反應步驟(反轉(zhuǎn)錄、同聚物加尾和PCR擴增),每一步都可能導致失敗;

第二,擴增DNA末端的特異性*依賴錨定引物及擴增DNA模板樣品的不均一性,因而特異性一般很低,常呈現(xiàn)不清晰的成片條帶或截短的產(chǎn)物背景。因此,使用RACE技術擴增得到的特異末端片段,所獲得的重組克隆能夠全部測序,以排除RACE實驗結(jié)果中擴增產(chǎn)物假陽性和假陰性,zui終有可能獲得新基因的全序列。

隨著RACE的不斷改進和完善,優(yōu)化條件下PCR擴增效率和忠實性的提高及PCR產(chǎn)物克隆技術的迅速發(fā)展,RACE必將在基因克隆及基因表達研究中發(fā)揮越來越大的作用。

RACE的另一種代表方法-Self-Ligation法

1. 反轉(zhuǎn)錄(RT)反應。

2. Hybrid RNA的分解。

3. 單鏈cDNA的自身連接。

4. PCR擴增5'未知區(qū)域。

5. 目的DNA片段的切膠回收。

6. DNA序列測定。

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