根據養(yǎng)殖污水高生化性的特點，生化處理技術越來越多的出現在了養(yǎng)殖污水處理中，生化處理根據其工作原理的不同可以分為：厭氧生化處理、好氧生化處理和自然處理法。

1、厭氧生化處理：

 厭氧生物處理技術即為在厭氧狀態(tài)下，污水中的機物被厭氧細菌分解、代謝、消化，使得污水中的機物含量大幅減少，同時產生沼的一種強效的污水處理方式。在厭氧處理過程中，污水中的機物經大量微生物的共同，被轉化為甲烷、二氧化碳、水、硫化氫和氨等。 常用的方法：混合式厭氧消化器（CSTR）、厭氧接觸反應器、厭氧濾池（AF）、上流式厭氧污泥床（UASB）、厭氧流化床（AFB）、升流式固體反應器（USR）等。目前養(yǎng)殖場污水處理主要采用的是上流式厭氧污泥床及升流式固體反應器工藝。

2、好氧生化處理：

好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解機物，同時合成自身細胞(活性污泥)。在好氧處理中，可生物降解的有機物被氧化為簡單的無機物。 該方法主要活性污泥法和生物濾池、生物轉盤、生物接觸氧化、序批式活性污泥法、A/O及氧化溝等。

3、自然處理技術：

  自然處理法是利用天然水體、土壤和生物的物理、化學與生物的綜合來凈化污水。其凈化方式主要包括過濾、截留、沉淀、物理和化學吸附、化學分解、生物氧化以及生物的吸收等。其原理涉及生態(tài)系統(tǒng)中物種共生、物質循環(huán)再生原理、結構與功能協調原則，分層多級截留、儲藏、利用和轉化營養(yǎng)物質機制等。這類方法投資省、工藝簡單、動力消耗少，但凈化功能受自然條件的制約。自然處理的主要氧化塘、土壤處理法、人工濕地處理法等。