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PCR引物設計原則簡介

來源:上海嘉鵬   2016年03月08日 11:44  

實驗步驟

首先引物與模板的序列要緊密互補,其次引物不能在模板的非目的位點引發(fā)DNA 聚合反應(即錯配) ,再次引物與引物之間避免形成穩(wěn)定的二聚體或發(fā)夾結構。引物設計應注意如下要點:

1.引物的長度一般為15-30 bp,常用的是18-27 bp。

2.引物序列在模板內(nèi)應當沒有相似性較高,尤其是3’端相似性較高的序列,否則容易導致錯配。引物3’端出現(xiàn)3 個以上的連續(xù)堿基,如GGG 或CCC,也會使錯誤引發(fā)機率增加。

3.引物3’端的末位堿基對Taq 酶的DNA 合成效率有較大的影響。不同的末位堿基在錯配位置導致不同的擴增效率,末位堿基為A 的錯配效率明顯高于其他3個堿基,因此應當避免在引物的3’端使用堿基A。

4.引物序列的GC 含量一般為40-60%,過高或過低都不利于引發(fā)反應。上下游引物的GC含量不能相差太大。

5.引物的另一個重要參數(shù)是熔解溫度(Tm)。這是當50%的引物和互補序列表現(xiàn)為雙鏈DNA分子時的溫度。合理的退火溫度從55℃到70℃。為獲得*結果,兩個引物應具有近似的Tm值。
 

6.引物二聚體或發(fā)夾結構也可能導致PCR 反應失敗。應該盡量避免。

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