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來源:生物試劑銷售中心   2016年04月25日 12:49  

染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)是目前研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。雖然ChIP技術(shù)的原理不復(fù)雜,但是對技術(shù)的要求高,實驗步驟的設(shè)計摸索耗時耗力,實驗耗費時間長。也許您從未開展過ChIP,也許您的ChIP結(jié)果有待改善,那么,可以看看下面的4點建議。

是否需要交聯(lián)?

交聯(lián)的目的是將感興趣的抗原固定在其染色質(zhì)結(jié)合位點。若沒有交聯(lián)的步驟,就意味著只有與染色質(zhì)結(jié)合非常緊密的蛋白質(zhì)能被免疫沉淀,譬如組蛋白。若您的研究對象是組蛋白,那可能不需要交聯(lián),而其他蛋白,如轉(zhuǎn)錄因子和DNA結(jié)合復(fù)合物中包含的蛋白,可能還需要交聯(lián)。如果使用交聯(lián),則ChIP反應(yīng)被稱為X-ChIP,則天然的ChIP反應(yīng)被稱為N-ChIP。然而,確實有一些抗原不適合用X-ChIP這種方式,因為在交聯(lián)過程中它們的表型會發(fā)生變化,或出現(xiàn)包涵體。

片段化要小心

染色質(zhì)必須片段化,才能讓相互反應(yīng)接觸到抗體。無論您采用哪種方法,都必須確保一定的片段化時間進程。對于X-ChIP,超聲波處理是必需的,因為甲醛交聯(lián)限制了酶切的效果。超聲波處理的條件要自己來優(yōu)化,不過說明書上通常都會給出一個參考條件。超聲波產(chǎn)生了隨機的DNA片段(平均500-700 bp)。在開展N-ChIP時,微球菌核酸酶的消化可產(chǎn)生~175 bp的單體。酶切消化的優(yōu)勢在于消化的重復(fù)性好,易控制反應(yīng)。

抗體用對沒有?

如果可以的話,使用經(jīng)過充分驗證、ChIP級別的抗體。當(dāng)然,這種抗體并不多。如果沒有,也可以選擇普通的免疫沉淀抗體,或能夠識別天然表位的抗體。一般來說,多克隆抗體是個更好的選擇,因為單克隆抗體只識別單個表位,而這個表位有可能在交聯(lián)過程中被掩蓋。而另一方面,單克隆抗體卻往往有著更好的批間一致性??贵w的量和使用的條件都應(yīng)根據(jù)使用經(jīng)驗來確定。一般情況下可以從每50ug DNA使用2-5ug抗體作為起始條件開始摸索。

對照也很重要

作為ChIP技術(shù)的陽性對照,H3K4me3和H3K9me3分別適用于激活和失活的基因。作為陰性對照,可選擇一個識別非染色質(zhì)表位的抗體,如GFP抗體。但要記住,這些抗體本身不是陽性和陰性對照,因為這取決于您正在研究的位點。如果在您研究的位點無H3K4me3,即使是的ChIP級別的H3K4me3抗體也不能讓任何東西免疫沉淀,那么這就不是一個理想的陽性對照。如果您的實驗室剛剛開始用ChIP,考慮購買試劑盒。

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