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深圳市安培生物科技有限公司
中級(jí)會(huì)員 | 第5年
如何解決酶切切過頭的問題?2021/08/25
之前談到了酶切切不動(dòng)的問題。這一次,我們探討一下酶切的另外一端:酶切切過頭的問題。還是按照一貫的做法和思路,發(fā)現(xiàn)主要是兩個(gè)原因?qū)е碌?,解決辦法也是有的。一、酶切時(shí)間過長酶切時(shí)間過長的確有時(shí)候會(huì)對(duì)目的條帶有影響,因?yàn)槟阌玫拿缚赡軙?huì)有星號(hào)活性。那么什么叫星號(hào)活性呢?通俗一點(diǎn)講,就是酶不去切它該切的地方,瞎切一氣......酶切時(shí)間過長,會(huì)導(dǎo)致最后亂切。安培建議:雙酶切不要超過5小時(shí)。其實(shí)一般3-4小時(shí)足夠了。你應(yīng)該有提供給你酶的生物試劑公司的相應(yīng)的說明書的吧?上面都有寫明酶的活性和作用時(shí)間。現(xiàn)在的酶
【技術(shù)】酶切、酶切,切還是不切?2021/08/24
酶切,作為一種常用的分子克隆的手段,如果應(yīng)用得當(dāng),可謂寶刀屠龍,無往而不利;如果應(yīng)用不當(dāng),又會(huì)步步維艱。真是讓人歡喜讓人憂愁。酶切,最常見的問題就是切不動(dòng)和切過了。這些問題比較復(fù)雜。下面,先講一講切不動(dòng)的問題。切不動(dòng)可能的原因:1.酶不匹配解決的方法:如果是雙酶切A和B,預(yù)實(shí)驗(yàn)中必須做A和B各自的單酶切和A+B的雙酶切,好確認(rèn)這幾種酶都好用,質(zhì)粒上的切點(diǎn)都好用。2.體系的問題解決的方法:酶切盡量用大體系,如50ul、100ul等。大體系能稀釋內(nèi)切酶包裝中的甘油,對(duì)反應(yīng)有利。3.酶的量太少解決的方
瓊脂糖凝膠電泳、酶和試劑的使用等一些注意事項(xiàng)2021/08/24
基因克隆在發(fā)明后的32年,需求一直不斷增加,但是有些小伙伴的重組質(zhì)粒就是怎么樣都構(gòu)建不出來。其實(shí),看似簡(jiǎn)單的傳統(tǒng)基因克隆,可是存在著重重陷阱!美國羅林斯研究中心(RollinsResearchCenter)IchiroMatsumura在一期的《BioTechniques》上分享了他的經(jīng)驗(yàn):“WhyJohnnycan’tclone:Commonpitfallsandnotsocommonsolutions.”小編今天就把核心的“姿勢(shì)”給大家提煉出來,主要是瓊脂糖凝膠電泳、酶(DNA聚合酶、限制性
DNA載體構(gòu)建——【干貨】三圖讓你秒懂質(zhì)粒圖譜2021/08/24
很多人拿到一個(gè)質(zhì)粒圖譜,第一反應(yīng)只能是仰天長嘯,這是什么玩意?這些ori、RBS、tet是什么鬼?這些箭頭代表什么,轉(zhuǎn)錄的方向嗎?為什么都不相同,不會(huì)“撞車”么?來,看幾張圖,上面的問題就能一一破解。第一步:先了解質(zhì)粒的基本組成元素。1)復(fù)制起始點(diǎn)Ori。該位點(diǎn)決定了質(zhì)粒的宿主及質(zhì)粒的拷貝數(shù),它是質(zhì)粒中一段特定序列,富含AT和重復(fù)序列。Tips:圖譜上只有一個(gè)Ori,表示質(zhì)粒是原核克隆表達(dá)質(zhì)粒;有兩個(gè)Ori,則表示該質(zhì)粒是,穿梭質(zhì)粒,即可在原核也可在真核中復(fù)制。2)抗性篩選基因。圖譜中Kan/t
為什么不能用質(zhì)粒DNA抽提試劑來提取基因組DNA?2021/08/24
導(dǎo)讀為什么同樣抽提質(zhì)粒DNA的試劑不能用來抽提基因組DNA呢?差別很大么?要買兩種試劑盒真是麻煩啊!你還不要不相信,有小伙伴試過,還真沒抽提出來。今天小編就來和大家一起探究下原因!基因組DNA的抽提,一般不會(huì)用到質(zhì)粒抽提的試劑盒,究其原因是由于兩者的原理*不同。兩者不都是DNA抽提么?其實(shí)關(guān)鍵在于這兩者在實(shí)驗(yàn)的初始設(shè)計(jì)上就*不同。先給大家解釋一下質(zhì)粒抽提吧。質(zhì)粒抽提質(zhì)粒抽提通常用的是堿裂解法,一般的試劑盒都會(huì)有SolutionⅠ,SolutionⅡ,SolutionⅢ,有的還會(huì)有Solution
【技術(shù)貼】DNA 純化實(shí)驗(yàn)的幾種常用方法2021/08/24
DNA純化是分子生物學(xué)研究中經(jīng)常需要用到的一種方法。一般來說,做DNA純化有3個(gè)目的:1.獲得高純度的DNA;2.濃縮DNA;3.用DNA做測(cè)序,芯片等生物信息學(xué)方面的實(shí)驗(yàn)。下面,談一談DNA純化的幾種常用方法。DNA純化實(shí)驗(yàn)基本上可以分為PCR清潔試劑盒純化法和DNA凝膠回收純化法兩大類。PCR清潔試劑盒純化法又稱為硅膠膜吸附法。因?yàn)樗脑硎牵汗枘z膜可在高鹽條件下結(jié)合DNA,又可在低鹽條件下與DNA分離。而DNA溶液中的其他渣渣包括引物、單核苷酸、酶、礦物油、鹽離子等,因?yàn)闆]有DNA的這種神
干貨貼:NCBI 上的這些字母都是什么意思?2021/08/24
NCBI上基因前面有個(gè)accession(編號(hào))分別有NC、NM、NP、GI、XP、XM、BC、AB、NG、AJ、AC、AY和AF等等,然后后面是一串?dāng)?shù)字,都是什么意思??特別是看Blast結(jié)果時(shí),這些編號(hào)到處都是的,根本不知道哪個(gè)才是想要的好么!!莫慌,今天就給大家理理順!ACCESSION是NCBI序列數(shù)據(jù)中我們常用到編號(hào)(另一個(gè)是GI)。ACCESSION形式為CC_#####,其中CC為兩個(gè)字母,其不同組合又可以區(qū)分為蛋白序列、核酸序列或基因組序列,而#為位數(shù)不等的數(shù)字;ACCESSIO
DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!2021/08/23
NCBI中的Blast被譽(yù)為序列比對(duì)界中的先鋒,并非浪得虛名的,它多才多藝(功能多樣),博學(xué)多識(shí)(比對(duì)面面俱到),還廣交天下名人雅士(可獲得各大數(shù)據(jù)庫的信息)。今天,小編讓大家見識(shí)一下老大的風(fēng)采。首先,登陸blast主頁blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgiBlast導(dǎo)航主頁面主體包括三部分BLASTAssembledGenomes、BasicBLAST和SpecializedBLAST。BLASTAssembledGenomes:就是讓你選擇你要對(duì)比的物種,點(diǎn)擊物種之
如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對(duì)2021/08/23
當(dāng)我們將未知菌株送到公司測(cè)序時(shí),并不意味著公司會(huì)直接告訴我們未知菌株是什么種什么屬的,他們只會(huì)給你未知菌株的測(cè)序序列,這時(shí)候就需要我們自己在NCBI上進(jìn)行同源性比對(duì)。下面結(jié)合實(shí)驗(yàn)經(jīng)歷跟大家交流一下。首先,我們先來弄清楚幾個(gè)概念:Query:數(shù)據(jù)庫中的序列alignments:比對(duì)上的兩個(gè)序列hits:兩個(gè)序列比對(duì)上的片段Score:比對(duì)得分,如果序列匹配上得分,不一樣,減分,分值越高,兩個(gè)序列相似性越高EValue:相對(duì)的一個(gè)統(tǒng)計(jì)值,值越小,越可信Length:輸入序列的長度Identities
Thp-1細(xì)胞高效率轉(zhuǎn)染條件分享2021/08/23
一、轉(zhuǎn)染材料準(zhǔn)備1.轉(zhuǎn)染試劑用量:10ul2.siRNA濃度:20um/L3.細(xì)胞密度:1*106-1*1054.轉(zhuǎn)染用培養(yǎng)板:6孔板5.轉(zhuǎn)染試劑:AdvancedDNARNA轉(zhuǎn)染試劑;貨號(hào):AD6000256.轉(zhuǎn)染時(shí)間:48小時(shí)7.細(xì)胞培養(yǎng)胎牛血清:Z7180FBS-500超低內(nèi)毒素胎牛血清8.細(xì)胞凍存液:L0100無血清細(xì)胞凍存液.注意:本細(xì)胞轉(zhuǎn)染用量條件不適合lipo使用。操作過程:1.提前1天接種細(xì)胞:細(xì)胞匯合度在60-80%左右,再進(jìn)行轉(zhuǎn)染。2.核酸復(fù)合物制備:將核酸與轉(zhuǎn)染試劑按照比例
U937細(xì)胞高效率轉(zhuǎn)染條件分享2021/08/23
一、轉(zhuǎn)染材料準(zhǔn)備1.轉(zhuǎn)染試劑用量:10ul2.DNA/siRNA濃度:電訊3.細(xì)胞密度:1*106-1*1054.轉(zhuǎn)染用培養(yǎng)板:6孔板5.轉(zhuǎn)染試劑:zetalife,AdvancedDNARNA轉(zhuǎn)染試劑;貨號(hào):AD6000256.轉(zhuǎn)染時(shí)間:15小時(shí)7.細(xì)胞培養(yǎng)胎牛血清:Z7181FBS-500胎牛血清8.細(xì)胞凍存液:L0100無血清細(xì)胞凍存液注意:本細(xì)胞轉(zhuǎn)染用量條件不適合lipo使用。操作過程:1.提前1天接種細(xì)胞:細(xì)胞匯合度在60-80%左右,再進(jìn)行轉(zhuǎn)染。2.核酸復(fù)合物制備:將核酸與轉(zhuǎn)染試劑按
如何預(yù)測(cè)新基因編碼蛋白的氨基酸序列2021/08/21
當(dāng)我們想研究一個(gè)新基因的功能時(shí),我們首先預(yù)測(cè)一下它是否編碼蛋白,如果編碼蛋白,那編碼出的蛋白的最有可能的氨基酸序列是什么?當(dāng)我們預(yù)測(cè)出該基因編碼的蛋白的氨基酸序列后,在數(shù)據(jù)庫中比對(duì),如果比對(duì)出了一個(gè)高度相似的已知蛋白,那我們可以根據(jù)該蛋白的功能來大概的推測(cè)我們要研究的新基因所編碼的蛋白的功能,這將為我們之后研究該新基因的功能提供方向。接下來我們就來說一下怎樣預(yù)測(cè)一個(gè)新基因編碼的蛋白的氨基酸序列。首先我們需要做的就是通過5’-and3’-RACE技術(shù)得到該基因的全長cDNA序列,然后按以下步驟進(jìn)行
【干貨】如何尋找基因信息?用 Pubmed 來尋找基因信息2021/08/21
說起Pubmed我們大家都不陌生,當(dāng)然,找文獻(xiàn)可都靠它呢。不過,這個(gè)美國國立醫(yī)學(xué)圖書館的搜索引擎可不止能干這個(gè)。它只是NCBIEntrez整個(gè)數(shù)據(jù)庫查詢系統(tǒng)中的一個(gè)。PubMed界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫的鏈接,其他的內(nèi)容還包括:DNA與蛋白質(zhì)序列,基因圖數(shù)據(jù),3D蛋白構(gòu)象,人類孟德爾遺傳在線等。這次我們要講的就是怎么用里面的NCBI來查找所需要的基因信息。如何尋找基因信息首先,打開NCBI網(wǎng)頁ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,選擇[gene],輸入您要的基因名稱(可簡(jiǎn)寫),
NCBI 竟然能批量下載基因序列!2021/08/21
第一步:整理排列好基因登入號(hào),NCBI檢索nucleotide第二步:調(diào)整展示界面DisplaySettings第三步:選擇文件發(fā)送內(nèi)容Send第四步:合適的打開方式DNAstar軟件下面就給你們演示下:第一步:每個(gè)基因都有它的Accessionnumber(基因登入號(hào),好比ID一樣),這個(gè)你們已經(jīng)拿到手了吧,首先登入NCBI網(wǎng)站ncbi.nlm.nih.gov/,在AllDatabases處下拉,選擇nucleotide,將基因的Accessionnumber都排列在一起,用空格隔開,不要有回
【DNA序列查詢】NCBI——序列尋找之旅2021/08/21
Pubmed也是科研人員常用工具之一,其實(shí)NCBI的功能不僅僅局限在查文獻(xiàn)上,其他功能由于用的少,只給大家介紹下基因序列的查找,包括全基因組、CCDS、剪接體等等。①打開NCBI主頁在下拉框里選擇Gene選項(xiàng),輸入基因名稱(p53)②搜索結(jié)果會(huì)有種屬的區(qū)別,要看清你要的種屬(homo)③結(jié)果頁的右側(cè)是它包含的內(nèi)容,可以直接選擇你要的項(xiàng),調(diào)到那個(gè)位置④Genomicregeions,transcripts,andproducts這個(gè)選項(xiàng)中,是以圖的形式顯示基因序列,在tool中選擇sequence
DNA序列查詢——NCBI良心教程,尋找基因轉(zhuǎn)錄本序列及相關(guān)編碼蛋白2021/08/21
提及NCBI我們大家都不陌生,研究物種基因功能可都靠它呢。在NCBI的快速搜索下,基因轉(zhuǎn)錄本序列以及相關(guān)編碼蛋白信息那也是手到擒來。然而當(dāng)我們查找某個(gè)基因的相關(guān)信息時(shí),就會(huì)發(fā)現(xiàn)該基因有很多個(gè)轉(zhuǎn)錄本。所以盡管基因查詢很簡(jiǎn)單,但要精確定位到自己所需的轉(zhuǎn)錄本核酸序列及蛋白信息仍是一個(gè)問題,今天小編就手把手教大家如何通過經(jīng)NCBI搞定此難題,以栗子為主,包學(xué)包會(huì)。步驟1.打開pubmed:ncbi.nlm.nih.gov/pubmed2.選擇基因并輸入你要查找的基因名稱,這里以TP53基因?yàn)槔?.點(diǎn)擊
PCR實(shí)驗(yàn)耗材你選對(duì)了嗎?2021/08/19
聚合酶鏈?zhǔn)皆谀姆磻?yīng)?PolymeraseChainReaction聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)什么是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)?聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerasechainreaction,PCR)是一項(xiàng)用于放大擴(kuò)增特定的DNA片段的分子生物學(xué)技術(shù),它是在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下,將該段DNA擴(kuò)增至足夠數(shù)量,以便進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能分析。影響PCR實(shí)驗(yàn)的因素之一——耗材在PCR實(shí)驗(yàn)中,影響擴(kuò)增效果的因素有很多。我們能想到的有dNTP的質(zhì)量與濃度、模板核酸的量與純化程度、引物的設(shè)計(jì)、DNA聚合酶的濃度、擴(kuò)增長度等問題
間充質(zhì)干細(xì)胞如何培養(yǎng)?2021/08/19
間充質(zhì)干細(xì)胞如何培養(yǎng)?間充質(zhì)干細(xì)胞是干細(xì)胞的一個(gè)研究分支。干細(xì)胞是一類具有自我復(fù)制和多向分化能力的細(xì)胞,它們可以不斷地自我更新,并在特定條件下轉(zhuǎn)變成為一種或多種構(gòu)成人體組織或器官的細(xì)胞。干細(xì)胞是機(jī)體的起源細(xì)胞,是形成人體各種組織器官的始祖細(xì)胞。什么是間充質(zhì)干細(xì)胞?間充質(zhì)干細(xì)胞存在于多種組織(如骨髓、臍帶血和臍帶組織、胎盤組織、脂肪組織等),具有多向分化潛力,非造血干細(xì)胞的成體干細(xì)胞。這類干細(xì)胞具有向多種間充質(zhì)系列細(xì)胞(如成骨、成軟骨及成脂肪細(xì)胞等)或非間充質(zhì)系列細(xì)胞分化的潛能,并具有*的細(xì)胞因子
血清知識(shí)——熱滅活血清如何處理?有必要對(duì)血清進(jìn)行熱滅活嗎?2021/08/18
血清熱滅活1.為何會(huì)有熱滅活血清呢?加熱可以滅活補(bǔ)體系統(tǒng)。啟動(dòng)的補(bǔ)體系統(tǒng)參與溶解細(xì)胞事件,刺激平滑肌收縮,細(xì)胞和血小板釋放組胺,啟動(dòng)淋巴細(xì)胞和巨噬細(xì)胞活化。在免疫學(xué)研究中,培養(yǎng)ES細(xì)胞、昆蟲細(xì)胞和平滑肌細(xì)胞時(shí),推薦使用熱滅活血清。2.血清熱滅活是否必要?血清熱滅活的步驟在1970年代就已建立,至今成為很多實(shí)驗(yàn)室的常規(guī)血清前處理步驟;但許多先前認(rèn)為必須熱滅活的原因,卻早已經(jīng)不再成立:●去除支原體污染?早期血清加工使用的450nm濾膜,早已被100nm濾膜取代;且隨著加工技術(shù)的創(chuàng)新及嚴(yán)格的監(jiān)控,血清
血清沉淀是否會(huì)影響細(xì)胞生長?如何避免?2021/08/18
血清是細(xì)胞培養(yǎng)試劑中最基礎(chǔ)普遍的試劑之一,之前我們已經(jīng)介紹過了有關(guān)特殊加工工藝血清的一些小知識(shí)(了解和認(rèn)識(shí)胎牛血清,特殊加工工藝血清,您知道幾種?),那么今天我們將繼續(xù)了解有關(guān)血清沉淀與血清熱滅活的相關(guān)知識(shí)~血清沉淀是否會(huì)影響細(xì)胞生長?如何避免?血清沉淀1.血清沉淀是什么?血清中經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)肉眼可見的沉淀,其成分有多種類型,產(chǎn)生的原因有很多。主要有纖維蛋白(絮狀沉淀)、甲胎蛋白、脂蛋白、冷凝集素、玻粘連蛋白、磷酸鈣(顯微鏡下小黑點(diǎn)沉淀)、膽固醇等?!窭w維蛋白(Fibrin)血清中肉眼可見的沉淀物大
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