DIA與DDA在無標記定量蛋白質(zhì)組學中的應用對比檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

無標記定量dànbáizhì組學（Label-Free Quantitative Proteomics）作為研究生物系統(tǒng)中蛋白表達動態(tài)變化的重要工具，已廣泛應用于疾病機制研究、藥物靶點發(fā)現(xiàn)及生物標志物篩選。在無標記定量策略中，數(shù)據(jù)依賴采集（Data-Dependent Acquisition, DDA）與數(shù)據(jù)獨立采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是zuì常見的兩種質(zhì)譜數(shù)據(jù)獲取方式，各自擁有不同的技術(shù)特點和應用場景。本文將圍繞這兩種策略進行系統(tǒng)對比，幫助科研人員在實驗設(shè)計中做出zuì優(yōu)選擇。

一、什么是DDA（數(shù)據(jù)依賴采集）？

??原理簡述

DDA是一種“采強不采弱”的數(shù)據(jù)采集方式。在一次MS掃描中，質(zhì)譜儀首優(yōu)良行MS1全掃描，再根據(jù)信號強度選擇前若干個zuì強的母離子進行MS2碎裂分析。這種方式可確保獲得高質(zhì)量的MS/MS譜圖，適用于蛋白鑒定。

??優(yōu)勢

• 譜圖質(zhì)量高：每次碎裂的都是zuì強信號，信噪比好，便于高置信度鑒定。

• 數(shù)據(jù)庫搜索效率高：獲得的MS/MS信息適用于傳統(tǒng)的SEQUEST、Mascot等搜索算法。

??局限性

• 重復性差：不同樣本或不同批次中被選中的母離子可能不同，導致缺失值較多。

• 對低豐度蛋白不友好：高豐度蛋白更容易被選中，低豐度蛋白常被忽略。

• 動態(tài)范圍受限：復雜樣本中高豐度蛋白“遮蔽”效應顯著。

二、什么是DIA（數(shù)據(jù)獨立采集）？

??原理簡述

DIA采用“無差別掃描”策略，將預設(shè)的m/z窗口內(nèi)所有離子統(tǒng)一進行碎裂，不依賴前體離子強度。其代表性技術(shù)如SWATH-MS、diaPASEF等。DIA采集到的是系統(tǒng)性的全譜信息，適合定量分析。

??優(yōu)勢

• 高重復性和數(shù)據(jù)完整性：樣本間離子選擇一致，缺失值顯著減少。

• 對低豐度蛋白更友好：全譜采集避免了對高豐度蛋白的偏倚。

• 便于構(gòu)建可重復的dànbáizhì組圖譜庫（Spectral Library）。

??局限性

• 數(shù)據(jù)復雜度高：MS2譜圖重疊嚴重，依賴優(yōu)良的軟件進行解卷積。

• 對算法依賴度高：數(shù)據(jù)分析需配合DIA專用軟件如Spectronaut、DIA-NN、EncyclopeDIA等。

三、DIA與DDA的核心性能對比

四、應用場景選擇建議

1、探索性研究/新物種研究

若研究目標為發(fā)現(xiàn)未知蛋白、構(gòu)建蛋白圖譜，DDA因譜圖質(zhì)量高、數(shù)據(jù)庫匹配效率好，是優(yōu)選方案。

2、大規(guī)模樣本定量/臨床隊列分析

在大樣本隊列分析、疾病生物標志物篩選等高通量定量研究中，DIA因數(shù)據(jù)一致性高、缺失值少，更適合用于差異蛋白篩選與統(tǒng)計分析。

3、質(zhì)譜圖譜庫構(gòu)建策略

常見的做法是先用DDA構(gòu)建高質(zhì)量譜圖庫，再進行DIA定量，這種“DDA+DIA聯(lián)合策略”兼顧了數(shù)據(jù)質(zhì)量與通量，已成為主流方案之一。

無論是DDA還是DIA，各自都有dútè優(yōu)勢，科研人員應根據(jù)實驗目的、樣本類型與預算進行科學選擇。DIA作為下一代主流趨勢，其在定量dànbáizhì組學中的優(yōu)勢愈發(fā)顯著。而DDA在譜圖庫構(gòu)建與新蛋白發(fā)現(xiàn)方面依然bùkětìdài。百泰派克生物科技致力于提供高質(zhì)量的基于Label Free的定量蛋白組分析服務(wù)，廣泛適用于基礎(chǔ)科研、疾病機制研究、生物標志物篩選及臨床轉(zhuǎn)化等多個方向。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務(wù)可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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