常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-Seq）主要是在轉(zhuǎn)錄水平上對逆轉(zhuǎn)錄的cDNA進行NGS測序，這樣可以全面快速地獲取某一物種在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本，包括mRNA和非編碼RNA。目前轉(zhuǎn)錄組測序主流的方法是芯片法和RNA-Seq法。
RNA-Seq相較于芯片法優(yōu)勢明顯，如：
不受物種限制
通量高
靈敏度高
分辨率高
同時能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本并準(zhǔn)確地識別可變剪切位點及SNP、UTR區(qū)域等。
此次疫情爆發(fā)，溯源工作主要是依靠這種方法。

圖1 常規(guī)RNA-Seq建庫流程

精品推薦

mRNA建庫試劑盒（適用Illumina平臺&MGI平臺）
樣本適用范圍廣：耐高溫，適合復(fù)雜模板mRNA建庫；
片段化可控： 片段大小均可選擇合適的打斷條件；
文庫質(zhì)量優(yōu)異：多樣本類型測試，結(jié)果均能滿足不同客戶需求；
測序質(zhì)量優(yōu)異： rRNA 殘留更低，有效數(shù)據(jù)占比更多。

圖2. RNA-Seq雙平臺建庫精品

產(chǎn)品特色

特色1. 精簡建庫流程
RNA-Seq建庫流程將常規(guī)的二鏈cDNA合成、末端修復(fù)和接頭連接合并為一步，建庫流程更精簡，節(jié)約時間1.5 h左右，滿足快速建庫需求。

圖3 .常規(guī)建庫流程

圖4.12300、13331建庫流程

特色2. 耐高溫的第四代逆轉(zhuǎn)錄酶
采用耐高溫的第四代逆轉(zhuǎn)錄酶，對溫度的耐受性高達60℃，有利于RNA模板二級結(jié)構(gòu)的打開，更利于逆轉(zhuǎn)錄的進行。同時去除RNase H活性，大大避免了逆轉(zhuǎn)錄過程中RNase H對RNA-DNA雜交分子的RNA降解，提升反轉(zhuǎn)錄效率。

圖5 .YEASEN第四代逆轉(zhuǎn)錄酶與常規(guī)MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶優(yōu)勢對比

特色3.優(yōu)異的測序數(shù)據(jù)
鏈特異性文庫測序有超過98.5%的Reads比對到正義鏈。同時鏈特異性文庫的 Ambiguity reads更少，基因表達定量更準(zhǔn)確。

圖6 .鏈特異性建庫測序質(zhì)量分析

案例分析

樣本信息：human、Rat、Watermelon
試劑盒：MaxUpⅡ Dual-mode mRNA建庫試劑盒（12300）
測序類型：NovaSeq (PE 150)
測序數(shù)據(jù)：如下表
測序結(jié)果分析：MaxUpⅡ Dual-mode mRNA試劑盒測序數(shù)據(jù)質(zhì)量優(yōu)異，有效數(shù)據(jù)占比高。

表1. 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)展示

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