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3 min一步完成rRNA去除，等你來盤！

來源：翌圣生物科技（上海）股份有限公司 2022年03月26日 18:38

近年來， RNA二代測序技術(shù)成為生命進(jìn)展和疾病診斷等領(lǐng)域的重要研究手段。但是，不同來源的樣本中的RNA種類占比具有極大的不均一性，如正常細(xì)胞中核糖體rRNA約占總RNA的90%-95%，而血液中珠蛋白的mRNA約占總mRNA的76%以上，這些RNA的存在占據(jù)了大部分的測序數(shù)據(jù)，嚴(yán)重影響低豐度RNA的檢測，提高了測序成本。rRNA以及Globin的去除，對于實(shí)現(xiàn)RNA經(jīng)濟(jì)高效的測序至關(guān)重要。

操作繁瑣，傳統(tǒng)rRNA耗時太長

對于原核生物以及一些低質(zhì)量的樣本如FFPE來說，不適用于oligo-dT磁珠的回收富集，因而基于RNase H消化去除的方法也被廣泛接受，但是整體流程相對復(fù)雜，全流程耗時約1-2 h左右，操作共需要30多步，時間更長，操作也更復(fù)雜。

圖1.基于RNase H的傳統(tǒng)rRNA去除路線

3 min完成rRNA去除，等你來盤！

翌圣生物自主研發(fā)的一步法靶RNA快速去除技術(shù)可以在RNA建庫過程中快速去除不需要的rRNA和珠蛋白mRNA，整個過程只需要3 min，一步操作。產(chǎn)品包括Hieff NGS^®One-Step rRNA Removal Kit（一步法快速rRNA去除試劑盒）和Hieff NGS® One-Step Globin RNA Removal Kit（一步法快速珠蛋白RNA去除試劑盒）。

圖2. 逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針法去除rRNA原理示意圖

一步法靶向RNA去除快速技術(shù)的原理是利用強(qiáng)結(jié)合能力的逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針優(yōu)先封閉靶RNA，阻止逆轉(zhuǎn)錄酶通過逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針鎖定的靶RNA位點(diǎn)，從而達(dá)到在逆轉(zhuǎn)錄過程中去除靶RNA的目的。

相較于傳統(tǒng)RNA富集方法，一步法rRNA去除試劑具有以下優(yōu)點(diǎn)，極大簡化了操作流程和提高了建庫效率：

操作簡單（僅需一步加樣操作）
耗時3 min（無需額外的純化操作）
對非靶RNA保留完整、特異性強(qiáng)、效率高和基因檢出數(shù)高

圖3.三種RNA富集方法原理對比

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1. 不同起始量RNA樣本中rRNA去除效率對比

不同Input RNA的293T細(xì)胞采用一步法rRNA去除試劑盒進(jìn)行去除，隨后采用翌圣RNA建庫試劑盒進(jìn)行文庫構(gòu)建（Cat#12252），分析結(jié)果顯示一步法rRNA去除試劑盒能高效完成rRNA的去除。

圖4. 不同起始量RNA樣本中rRNA去除效率對比

注：為了獲得更好的建庫產(chǎn)量，建議1-100ng RNA投入量使用Cat#12259，100-1000ng RNA投入量使用Cat#12258。

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2. 不同質(zhì)量FFPE RNA樣本中rRNA去除效率對比

不同質(zhì)量度的FFPE樣本采用一步法rRNA去除試劑盒進(jìn)行去除，隨后采用翌圣RNA建庫試劑盒進(jìn)行文庫構(gòu)建（Cat#12252），分析結(jié)果顯示一步法rRNA去除試劑盒能高效完成rRNA的去除。

圖5. 不同質(zhì)量度RNA樣本去除效率對比；左（DV200=70%）, 中（DV200=43%），右（DV200=12%）

注：DV200 表示大于 200 個核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA 片段的百分比。

授權(quán)

翌圣生物逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針法獲得了國家知識產(chǎn)權(quán)局的發(fā)明授權(quán)。任何在逆轉(zhuǎn)錄過程中利用逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針混合物去除靶RNA的方法都應(yīng)屬于本的保護(hù)范圍。

訂購信息

產(chǎn)品名稱	產(chǎn)品貨號	產(chǎn)品規(guī)格
Hieff NGS^® One-Step rRNA Removal Kit (100-1000ng )	12258ES24/96	24/96 T
Hieff NGS^® One-Step rRNA Removal Kit (1-100 ng)	12259ES24/96	24/96 T
Hieff NGS^® One-Step Globin mRNA Removal Kit (Human)	12260ES24/96	24/96 T

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