DNA雙螺旋模型的發(fā)現(xiàn)讓人們認識到,生命最根本的基石是4個“堿基字母”及其相應的“書寫規(guī)則”。現(xiàn)代分子生物學的發(fā)展對DNA的研究有了更精準的認識;DNA提取是分子生物學實驗中的實驗步驟。
土壤中的微生物多種多樣,同時,土壤樣本中常含有大量的抑制劑(腐殖酸、黃腐酸等腐殖質),腐殖質容易與核酸一起被抽提,且會影響DNA聚合酶活性,進而影響下游PCR及測序過程。獲取土壤樣本微生物DNA是土壤研究的第一步,也是下游實驗能否成功進行的最關鍵的一步。
樣本微生物含量低:增加樣本量;調節(jié)樣本的含水量等因素來優(yōu)化裂解條件。
裂解不充分:增加物理破碎的時間和次數(shù)。
洗脫不充分:建議二次洗脫增加產量或提高洗脫體積。
難點二:提取的核酸出現(xiàn)降解,跑膠有彌散現(xiàn)象
優(yōu)化裂解條件,避免過度裂解,降低物理破碎的力度;
操作過程中是否有污染 DAase,造成 DNA 降解;
可能有大量RNA的污染,可加入RNase I。
難點三:提取 DNA 的純度過低,殘留抑制物影響下游實驗
樣本復雜含有有機質高:需要特別去除雜質,必要時可以使用 PBS 清洗土壤并收集菌體;
雜質去除效果差,雜質殘留多:選擇有去除蛋白、腐質酸等復雜抑制物的去雜劑;
乙醇等沒有充分揮發(fā):晾曬步驟要充分,使醇揮發(fā)。
MolPure® Soil DNA Kit(Cat#18815ES),能高效獲得土壤DNA,有利于實現(xiàn)后續(xù)對土壤微生物生態(tài)系統(tǒng)多樣性的研究。
操作便捷:室溫操作,僅需35min即可回收DNA。
產量高:玻璃珠能高效裂解土壤微生物,釋放更多DNA,最大限度地提取其產量。
適用范圍廣:適合花壇土、花盆土、農田土、山林土、淤泥、黑土等各類型土壤。
純度高:有效去除土壤中腐殖酸、重金屬離子等雜質,并與離心柱法純化相結合,提高了DNA的純度。
圖1 土壤DNA提取操作流程圖
250mg池塘土壤樣本,分別用18815ES和競品提取,洗脫體積50μL,18815ES相對競品展現(xiàn)出更優(yōu)異的DNA濃度和純度。
表1 DNA提取濃度和純度
圖2 土壤DNA瓊脂糖凝膠電泳圖
腸道微生物的種類、數(shù)量、生理活動等,參與影響人體多種生理機能,并與部分疾病的發(fā)生緊密相關。糞便中含有的成分非常復雜,包括包括水分、蛋白質、無機物、脂肪、未消化的食物纖維、脫了水的消化液殘余、維生素K、維生素B等,因此從糞便中提取核酸并非易事。
難點一:糞便中革蘭氏陽性菌難以破壁
加入裂解液后充分震蕩混勻;
針對含革蘭氏陽性菌等較難裂解的糞便樣本,可提高樣本裂解的溫度。
難點二:提取 DNA 中的殘留物質抑制下游實驗
轉移上清時避免吸到糞便顆粒;
去除雜質時,應充分震蕩混勻;
對于非常干燥的糞便樣本,需要適當減少樣本量。
MolPure® Stool DNA Kit 糞便 DNA 提取試劑盒(Cat#18820ES),能高效提取糞便DNA,有利于實現(xiàn)后續(xù)對腸道微生物生態(tài)系統(tǒng)多樣性的研究。
操作便捷:室溫操作,僅需35min即可回收DNA。
產量高:裂解液配方,釋放更多DNA,最大限度地提取其產量。
純度高:雜質去除劑配方,能很大程度去除糞便中的雜質,并與離心柱法純化相結合,提高了DNA的純度。
圖3 糞便DNA提取操作流程圖
來自8位自愿者的糞便樣本,取200mg樣本,采用18820ES和競品提取糞便DNA,洗脫體積50μL, 18820ES相對競品展現(xiàn)出更優(yōu)異的DNA濃度和純度。
表2 糞便DNA提取濃度和純度
圖4 糞便DNA提取瓊脂糖凝膠電泳圖
產品編號 | 產品名稱 | 產品應用 |
18815ES | MolPure® Soil DNA Kit | 土壤DNA提取 |
18820ES | MolPure® Stool DNA Kit | 糞便DNA提取 |
產品編號 | 產品名稱 | 產品應用 |
18700ES | MolPure® Cell/Tissue DNA Kit | 細胞/組織DNA提取 |
18725ES | MolPure® Marine Animals DNA Kit | 海洋動物DNA提取 |
18730ES | MolPure® Blood DNA Kit | 血液DNA提取 |
18780ES | MolPure® Micro DNA Kit | 微量DNA提取 |
18800ES | MolPure® Plant DNA Kit | 植物DNA提取 |
18801ES | MolPure® Plant Plus DNA Kit | 多糖多酚植物DNA提取 |
18806ES | MolPure® Bacterial DNA Kit | 細菌DNA提取 |
18812ES | MolPure® Fungal DNA Kit | 真菌DNA提取 |
相關產品
免責聲明
- 凡本網注明“來源:化工儀器網”的所有作品,均為浙江興旺寶明通網絡有限公司-化工儀器網合法擁有版權或有權使用的作品,未經本網授權不得轉載、摘編或利用其它方式使用上述作品。已經本網授權使用作品的,應在授權范圍內使用,并注明“來源:化工儀器網”。違反上述聲明者,本網將追究其相關法律責任。
- 本網轉載并注明自其他來源(非化工儀器網)的作品,目的在于傳遞更多信息,并不代表本網贊同其觀點和對其真實性負責,不承擔此類作品侵權行為的直接責任及連帶責任。其他媒體、網站或個人從本網轉載時,必須保留本網注明的作品第一來源,并自負版權等法律責任。
- 如涉及作品內容、版權等問題,請在作品發(fā)表之日起一周內與本網聯(lián)系,否則視為放棄相關權利。