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新品│高效尿嘧啶特異性切割酶：精準(zhǔn)清除dU堿基！
新品│高效尿嘧啶特異性切割酶：精準(zhǔn)清除dU堿基！
Uracil-Specific Excision Reagent是由尿嘧啶DNA糖基化酶（Uracil DNA Glycosylase, UDG）和核酸內(nèi)切酶 Ⅷ(Endonuclease VIII, Endo Ⅷ)（戳鏈接了解詳情）兩種酶混合而成。UDG識(shí)別ssDNA或dsDNA上的dU堿基并形成AP位點(diǎn)，但磷酸二酯骨架結(jié)構(gòu)保持完整。Endo VIII的裂解酶活性能夠使AP位點(diǎn)的3′和5′端的磷酸二酯鍵斷裂，釋放無(wú)堿基的脫氧核糖，形成單核苷酸間隙。因此，Uracil-Specific Excision Reagent（尿嘧啶-特異性切除試劑）能作用于DNA上的dU位置，產(chǎn)生一個(gè)單核苷酸缺口，適用于ssDNA、dsDNA及環(huán)狀DNA，滿(mǎn)足各類(lèi)特異性切割dU堿基的實(shí)驗(yàn)需求。
圖1. 切割dU堿基示意圖
圖2. 常規(guī)RNA建庫(kù)與鏈特異性文庫(kù)構(gòu)建對(duì)比[1]
1、PCR引物5′端具有重疊序列，包含一個(gè)dU堿基，該堿基在與5′末端6- 10 nt距離處取代dT；
2、通過(guò)PCR在目標(biāo)DNA分子和克隆載體之間生成6-10個(gè)堿基的同源性片段，并且每個(gè)PCR產(chǎn)物的5'端被引入了一個(gè)dU；
3、使用Uracil-Specific Excision Reagent處理PCR片段，在每個(gè)dU位置形成單核苷酸缺口，產(chǎn)生適合于PCR片段定向組裝的3′單鏈延伸；
4、退火延伸完成組裝。
圖3. 克隆示意圖
圖4. 切除效果對(duì)比
應(yīng)用 | 產(chǎn)品名稱(chēng) | 產(chǎn)品貨號(hào) |
基于尿嘧啶切除的克隆、 RNA鏈特異性建庫(kù) | Uracil-Specific Excision Reagent(1 U/μL) | 14537ES |
DNA損傷修復(fù)研究 | Endonuclease VIII (10 U/μL) | 14536ES |
PCR防污染 | Uracil DNA Glycosylase (UDG/UNG), 1 U/μL | 14455ES |
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