無(wú)標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)（LFQ）常見(jiàn)問(wèn)題解答與解決方案檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

無(wú)標(biāo)記定量（Label-Free Quantification, LFQ）作為dànbáizhì組學(xué)中廣泛應(yīng)用的定量方法，因其不依賴穩(wěn)定同位素標(biāo)記、流程簡(jiǎn)便、適用范圍廣等優(yōu)勢(shì)，成為基礎(chǔ)研究與臨床轉(zhuǎn)化領(lǐng)域的重要技術(shù)選擇。然而，無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)（LFQ）實(shí)驗(yàn)對(duì)樣本制備、質(zhì)譜采集與數(shù)據(jù)分析的高度依賴，也使得很多科研人員在實(shí)際操作中遇到諸多挑戰(zhàn)，如數(shù)據(jù)缺失、重復(fù)性差、定量準(zhǔn)確性不足等。本文將圍繞無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)中zuì常見(jiàn)的問(wèn)題展開解析，提供切實(shí)可行的優(yōu)化策略，助力您的科研工作事半功倍。

常見(jiàn)問(wèn)題一：LFQ實(shí)驗(yàn)中數(shù)據(jù)缺失嚴(yán)重，如何解決？

1、問(wèn)題解析

無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)（LFQ）本質(zhì)上依賴質(zhì)譜信號(hào)的強(qiáng)度對(duì)dànbáizhì進(jìn)行相對(duì)定量，因此，任何一個(gè)步驟的波動(dòng)，如樣本前處理、液相分離穩(wěn)定性、質(zhì)譜儀性能狀態(tài)等，都會(huì)導(dǎo)致信號(hào)丟失或檢測(cè)不到，表現(xiàn)為數(shù)據(jù)矩陣中的大量缺失值（Missing Values）。

2、解決方案

（1）優(yōu)化樣本制備流程：嚴(yán)格控制蛋白濃度和酶解效率，確保樣本一致性。

（2）提升質(zhì)譜檢測(cè)穩(wěn)定性：定期校準(zhǔn)設(shè)備，選擇穩(wěn)定性良好的柱子與梯度，采用標(biāo)準(zhǔn)化質(zhì)控樣本監(jiān)測(cè)批次間波動(dòng)。

（3）應(yīng)用優(yōu)良的缺失值*算法：如基于局部低豐度推測(cè)（low abundance assumption）的填充方法，合理補(bǔ)充缺失信息，提升數(shù)據(jù)完整性。

在百泰派克生物科技，我們通過(guò)自研的樣本處理SOP和質(zhì)控體系，將LFQ項(xiàng)目的數(shù)據(jù)缺失率控制在5%以內(nèi)，顯著提升定量準(zhǔn)確性和結(jié)果重現(xiàn)性。

常見(jiàn)問(wèn)題二：無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)（LFQ）重復(fù)性差，實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)波動(dòng)大

1、問(wèn)題解析

LFQ依賴MS1水平的離子峰強(qiáng)度，受離子抑制效應(yīng)、上機(jī)條件微小變化等影響較大，導(dǎo)致技術(shù)重復(fù)樣本之間的相關(guān)性下降，增加生物學(xué)解釋的難度。

2、解決方案

（1）加強(qiáng)前處理標(biāo)準(zhǔn)化：采用自動(dòng)化移液系統(tǒng)，減少人為操作誤差。

（2）合理設(shè)計(jì)批次與質(zhì)控：每批樣本均設(shè)定QC樣本，監(jiān)控技術(shù)漂移。

（3）選擇合適的定量軟件和算法：如MaxQuant、DIA-NN等工具，結(jié)合內(nèi)置的歸一化和校正功能，減少非生物學(xué)噪聲。

常見(jiàn)問(wèn)題三：低豐度蛋白難以檢測(cè)

1、問(wèn)題解析

在復(fù)雜背景（如血漿、組織裂解液）中，低豐度蛋白信號(hào)易被高豐度蛋白遮蔽，難以準(zhǔn)確檢測(cè)和定量。

2、解決方案

（1）樣本預(yù)處理分離富集：如高豐度蛋白去除、分級(jí)分離（e.g., 高pH反向相色譜）。

（2）增強(qiáng)質(zhì)譜采集靈敏度：采用zuì新一代Orbitrap/TOF平臺(tái)，結(jié)合動(dòng)態(tài)排除與優(yōu)化的DDA/DIA參數(shù)設(shè)定。

（3）引入深度數(shù)據(jù)挖掘策略：如Match Between Runs (MBR)、蛋白推斷加強(qiáng)等方法，提高低豐度蛋白的識(shí)別率。

百泰派克生物科技在項(xiàng)目中廣泛應(yīng)用多級(jí)分離和深度質(zhì)譜采集策略，低豐度蛋白檢出率可提升至傳統(tǒng)方法的2倍以上。

常見(jiàn)問(wèn)題四：LFQ數(shù)據(jù)分析流程復(fù)雜，容易出錯(cuò)

1、問(wèn)題解析

無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)（LFQ）數(shù)據(jù)處理涉及原始數(shù)據(jù)預(yù)處理、特征提取、歸一化、統(tǒng)計(jì)分析、功能注釋等多個(gè)環(huán)節(jié)，稍有不慎，就可能造成結(jié)果偏差。

2、解決方案

（1）采用標(biāo)準(zhǔn)化分析流程：推薦使用經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的軟件，如MaxQuant + Perseus、Proteome Discoverer等。

（2）加強(qiáng)統(tǒng)計(jì)學(xué)基礎(chǔ)：合理選擇差異蛋白篩選標(biāo)準(zhǔn)（如FDR控制、Fold Change閾值）。

（3）結(jié)合多維注釋與可視化：如GO/KEGG富集、PCA聚類、熱圖可視化，提升數(shù)據(jù)解釋力。

在百泰派克生物科技，我們基于自研Proteomics Cloud平臺(tái)，為客戶提供一站式LFQ數(shù)據(jù)分析與可視化服務(wù)，大幅縮短數(shù)據(jù)交付周期并降低分析出錯(cuò)率。

無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)雖然在應(yīng)用上門檻低，但若要實(shí)現(xiàn)高精度、可重復(fù)、深入生物學(xué)解釋的定量結(jié)果，對(duì)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)處理的zhuānyè度要求jígāo。作為優(yōu)質(zhì)的dànbáizhì組學(xué)技術(shù)服務(wù)提供商，百泰派克生物科技憑借優(yōu)良的質(zhì)譜平臺(tái)、完善的質(zhì)控體系和豐富的大樣本項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，持續(xù)為基礎(chǔ)研究、藥物開發(fā)及轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)領(lǐng)域提供高質(zhì)量、可信賴的無(wú)標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)（LFQ）解決方案。如果您希望了解更多LFQ技術(shù)細(xì)節(jié)或獲取定制化項(xiàng)目方案，歡迎聯(lián)系我們的科研服務(wù)團(tuán)隊(duì)。

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百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

無(wú)標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)（LFQ）常見(jiàn)問(wèn)題解答與解決方案檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹